晚上好,
我正在尝试将标准 InChI 字符串转换为具有固定氢层的非标准 InChI 字符串:
示例:
尿嘧啶的标准 inChI : 预期
InChI=1S/C4H4N2O2/c7-3-1-2-5-4(8)6-3/h1-2H,(H2,5,6,7,8)
结果:
InChI=1/C4H4N2O2/c7-3-1-2-5-4(8)6-3/h1-2H,(H2,5,6,7,8)/f/h5-6H
尿嘧啶的 InChIkey:ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N
我的问题是,如果没有进一步的信息,这在理论上是否可行,如果没有,是否有其他方法可以实现这一目标,例如使用现有数据库?
最终目标是将带有氢层的 InChI 字符串转换为 mol 文件,以便能够根据它映射色谱峰,所以我安装了 OpenBabel,它可以做到这一点,但它无法解决上述 InChI 之间的转换。
我已经找到了仙人掌网站,该网站允许通过将 InChIkey 插入到 URL 中,将 InChI密钥(我可以从我拥有的标准 InChI 生成)转换为所需的非标准 InChI(带氢层),如下所示: http: //cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N/inchi。这里的问题是它返回了多个正确的非标准 InChI 字符串(具有固定的氢层)。其中一个是我所追求的尿嘧啶标准,但我没有找到一种方法来弄清楚如何自动选择正确的标准。您可以想象,我想以自动化方式运行它以进行数百次转换。
我感谢您的帮助。
洛迪