7

我正在 slurm 中提交一个玩具阵列作业。我的命令行是

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1

其中 j1 是脚本：

#!/bin/bash
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID

当我提交这个时，我收到一个错误：

--> Verifying valid submit host (login1)...OK
--> Verifying valid jobname...OK
--> Enforcing max jobs per user...OK
--> Verifying availability of your home dir (/home1/03400/myname)...OK
--> Verifying availability of your work dir (/work/03400/myname)...OK
--> Verifying availability of your scratch dir (/scratch/03400/myname)...OK
--> Verifying valid ssh keys...OK
--> Verifying access to desired queue (development)...OK
--> Verifying job request is within current queue limits...OK
--> Checking available allocation (PRJ-1234)...OK
sbatch: error: Batch job submission failed: Invalid job array specification

没有数组规范，同样的工作也能正常工作：

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 j1
4

2 回答 2

11

这篇文章有点老了，但如果它发生在其他人身上，我也有同样的问题，但接受的答案并没有说明我的问题是什么。

这个错误（sbatch: error: Batch job submit failed: Invalid job array specification）也可能在数组太大时引发。

来自https://slurm.schedmd.com/slurm.conf.html

最大数组大小

最大作业数组大小。最大作业数组任务索引值将比 MaxArraySize 小一以允许索引值为零。将 MaxArraySize 配置为 0 以禁用作业数组。该值不得超过 4000001。MaxJobCount 的值应远大于 MaxArraySize。默认值为 1001。

要检查该值，所有 slurm 用户都应该可以访问 slurm.conf 文件（仍然根据1），并且可以在 /etc/slurm.conf 附近的某个地方找到（请参阅https://slurm.schedmd.com/slurm.conf .html#lbAM，就我而言，我在路径 /etc/slurm/slurm.conf 中找到了它。

于 2020-05-15T13:45:36.220 回答
4

您的数组规范的语法是正确的。但是您粘贴的打印输出不是标准的 Slurm，我猜您正在使用 Stampede ；他们有自己的 sbatch 包装器。

您可以做的是使用该-vvv选项来sbatch查看 Slurm 看到的确切内容：

$ sbatch -vvv -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1 |& grep array

这应该返回

sbatch: array             : 1-2

如果没有，则意味着信息以某种方式丢失了。

您可以尝试从提交命令行中删除数组规范并将其插入到提交脚本中，如下所示：

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 j1

j1 是

#!/bin/bash
#SBATCH -a 1-2
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID

下一步是联系系统管理员，提供运行上述测试所获得的信息并寻求帮助。

于 2015-03-24T09:05:32.893 回答