bash - Using Bash to Manually Edit a Text or Fastq file

Question

I would like to manually edit a Fastq file using Bash to multiple similar lines.

In Fastq files a sequence read starts on line 2 and then is found every fourth line (ie lines 2,6,10,14...).

I would like to create an edited text file that is identical to a Fastq file except the first 6 characters of the sequencing reads are trimmed off.

Unedited Fastq:

@M03017:21:000000000
GAGAGATCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

Edited Fastq:

@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

Answer 1

我想awk这是完美的：

$ awk 'NR%4==2 {gsub(/^.{6}/,"")} 1' file
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

这将删除 4k+2 位置的所有行中的前 6 个字符。

解释

• NR%4==2 {}如果记录数（行数）为 4k+2 形式，则执行操作。
• gsub(/^.{6}/,"")用空字符串替换前 6 个字符。
• 1评估为 True，打印该行。

Answer 2

GNU sed 可以做到这一点：

sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file

地址的2~4意思是“从第 2 行开始，每 4 行重复一次”。

s表示替换，^匹配行开头，.匹配任何字符，\{6\}指定长度（“量词”）。替换字符串为空 ( //)。

-i~替换文件，留下一个~附加到文件名的备份。