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我正在尝试从 qsub 调用运行一些 samtools 命令（在集群上运行）。由于某种原因，这些命令似乎无法被识别。但是，如果我复制粘贴命令并直接从终端集群运行它，它就可以正常工作。有没有人遇到过这样的问题或知道我做错了什么？谢谢，

帕特里克

我的 qsub（这不起作用）：

#!/bin/bash
#./etc/sysconfig/pssc
#PBS -S /bin/bash
#PBS JOB_NAME="QSH_$(whoami)"
#PBS NODE_NUM="1"
#PBS NODE_PPN="${NODE_NCPUS}"
#PBS HOURS="24"
#PBS MINUTES="00"
#PBS SECONDS="00"
#PBS WALLTIME=${HOURS}:${MINUTES}:${SECONDS}
#PBS RES_LIST="nodes=${NODE_NUM}:ppn=${NODE_PPN}"
#PBS DIR_WORK="${PBS_O_WORKDIR}"
#PBS QUEUE="high"
#PBS cd ${DIR_WORK}
samtools index /data/test.bam /data/test.bai

如果我直接从终端运行命令，它可以工作：

samtools index /data/test.bam /data/test.bai

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1 回答 1

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你记得cd进入你的工作目录吗？我不相信这qsub会扩展$例如中的变量PBS cd ${DIR_WORK}。

试试这个脚本：

#!/bin/bash
#./etc/sysconfig/pssc
#PBS JOB_NAME=test
#PBS WALLTIME=24:00:00

cd ${PBS_O_WORKDIR}

echo `pwd`
dir
于 2015-02-16T15:11:42.913 回答