bash - 一起使用 bwa mem 和 umitools

Question

我正在尝试使用 bwa mem 将序列读取与 hg19 参考对齐，但我的序列都有一个 UMI（唯一分子标识符）。我像这样使用umitools：

umitools trim --end 5 input.fastq NNNNNN > output.fastq

然后，这将我的 UMI 序列正确地附加到 output.fastq 文件中的名称行，但是当使用 bwa mem 对齐时，我收到以下错误：

paired reads have different names: "someTitle:UMI_ATGCTC", "someTitle:UMI_CATTAT"

有没有办法同时使用 bwa mem 和 umitools 这样就不会发生这种情况？

Answer 1

所以这并不能完全回答这个问题，但很接近。umitools 不适用于配对末端读取。我为解决这个问题所做的就是修剪我的 UMI 序列（读取的每侧 6bp），然后使用以下代码对齐：

sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file

地址的2~4意思是“从第 2 行开始，每 4 行重复一次”。

s表示替换，^匹配行开头，.匹配任何字符，\{6\}指定长度（“量词”）。替换字符串为空 ( //)。

-i~替换文件，留下一个~附加到文件名的备份。