imagej - 如何使用 imageJ 合并不同的通道并做 az stack average

Question

我有十个 tiff 文件，每个文件都包含两个通道成像数据，我想为两个通道标记不同的颜色，然后进行 az 投影，有人知道该怎么做吗？

Answer 1

首先，让自己熟悉 ImageJ 的显示伪彩色和合成图像的概念。

使用File > Import > Image Sequence...将 tiff 文件作为堆栈打开。您可能需要使用Image > Hyperstacks > Stack to Hyperstack...将您的堆栈转换为 2 通道、10 片超堆栈。然后使用Image > Stacks > Z Project...创建 z 投影。

在执行这些命令时使用宏记录器将为您提供代码（自动化任务所需）：

run("Image Sequence...", "open=/path/to/your/files file=tiff sort");
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyczt(default) channels=2 slices=10 frames=1 display=Color");
run("Z Project...", "projection=[Average Intensity]");