我有一种特定形式的数据,就像前面描述的那样。我有 200 个人和他们的基因组。现在,它们在田间相互作用,一段时间后,它们可以占用别人的基因组,或者可能死亡。因此,我有这样的数据,
At time 400, Guy134 took genome from Guy156
At time 400, Guy96 took genome from Guy145
At time 800, Guy145 took genome from Guy178
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...
因此,发生的事情是 Guy134 从 156 获取基因组,他的基因组永远丢失了,而 Guy145 从 178 获取基因组,但他的基因组没有丢失,但现在存在于丢失基因组的 Guy96 中。
现在我需要以图形(树状)方式追踪基因组的起源。要获得类似以下内容:
现在,如果有人能提供任何帮助来帮助我如何做这样的事情,我将不胜感激。任何软件、软件包、代码,任何东西都会有所帮助。我想我必须从头开始,如果已经不存在可以做到这一点的东西。什么是最好的软件或包来做这种事情。另外,我想就是否有一种不同的、更好的方式来表示这些数据提出建议。
我是一名生物学家,不是专家,但对 MATLAB、一点 Python 和一点 shell 脚本很熟悉。