python - 未找到 Graphviz 的可执行文件（Python 3.4）

Question

我在 Windows 7 上运行 Python3.4。我正在尝试将 Python 接口用于 graphviz。这是我打算运行的脚本：

from graphviz import Digraph
import pydotplus

dot = Digraph(comment='The Round Table')

dot.node('A', 'King Arthur')
dot.node('B', 'Sir Bedevere the Wise')
dot.node('L', 'Sir Lancelot the Brave')
dot.edges(['AB', 'AL'])
dot.edge('B', 'L', constraint='false')

print(dot.source)
dot.render('test-output/round-table.gv', view=True)

我在运行时收到以下错误：

RuntimeError: failed to execute ['dot', '-Tpdf', '-O', 'test-output/round-table.gv'], make sure the Graphviz executables are on your systems' path

现在我确定我已经正确安装了正确的依赖项。我首先尝试设置正确的环境变量。graphviz 可执行文件位于C:\Program Files (x86)\Graphviz2.37\bin所以我去了环境变量部分。那里有两个部分：用户变量和系统变量。在系统变量下，我单击路径，然后单击Edit并将;C:\Program Files (x86)\Graphviz2.37\bin添加到字符串的末尾并保存。这并没有清除错误。

然后，按照这里给出的答案，我卸载了 pydot（实际上我在这里使用了 pydotplus）并再次重新安装，但仍然没有成功。

我已经尝试了几个小时来解决这个问题，整个 PATH 变量的事情只是令人困惑和沮丧。

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我在 Ubuntu 16.04 上也遇到了这个问题。

sudo apt-get install graphviz通过在我已经执行的 pip install 之外运行来修复。

score 32 · Accepted Answer

在我"conda install graphviz"必须添加到 PATH 之后（Win10、Anaconda3、Jupyter notebook）：C:\Users\username\Anaconda3\Library\bin\graphviz

修改 PATH 转到Control Panel > System and Security > System > Advanced System Settings > Environment Variables > Path > Edit > New

score 21 · Accepted Answer

因为没有提到Mac OS，我会补充说我在OS X Yosemite上遇到了同样的问题，我找到的解决方案是brew install graphviz

这解决了问题，不确定我是否应该只编辑此列表中的其他答案之一，因为它们似乎都是相同的答案，除了 Python 库之外，只需安装一个官方包。

score 14 · Accepted Answer

在win10中带有anaconda的jupyter（ipython）笔记本上，conda install graphviz我在安装graphviz之后解决了这个问题pip install graphviz

score 8 · Accepted Answer

我解决了它直接从 Windows 路径安装https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html并包括在 Windows 路径中：

C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin

C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38

在我重新启动 Windows 之后

score 7 · Accepted Answer

如果您在 Win10 上，请安装 Graphviz ( link )，然后使用以下命令添加路径。

import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + 'C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38/bin/'

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当您将 C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin 添加到 PATH 时，您必须关闭 IDE 环境（例如 spyder）并重新启动，您将解决“RuntimeError：确保 Graphviz 可执行文件在您的系统上' 小路”

score 5 · Accepted Answer

为了解决这个问题，当你成功安装graphviz2.38，然后将你的PATH变量添加到系统路径。在系统变量下你可以点击路径，然后点击编辑并添加；C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\ bin 到字符串的末尾并保存。之后，像 spyper 一样重新启动你的 pythonIDE，然后它就可以正常工作了。

不要忘记关闭 Spyder 然后重新启动。

score 5 · Accepted Answer

我在 Jupyter Notebook 中遇到了同样的问题。添加这个，你就可以开始了。

import os

os.environ['PATH'] = os.environ['PATH']+';'+os.environ['CONDA_PREFIX']+r"\Library\bin\graphviz"

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请注意，我使用的是 Windows 10。以下某些内容可能适用于其他版本的 Windows 或操作系统，也可能不适用：

**注 2：**
“您系统上的 Graphviz bin 文件地址”可以是C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin或您在那里安装 Graphviz 的任何其他路径。

我们不仅对 Graphviz 有问题，而且对我们想在 Jupyter 中使用的其他外部 EXE 文件也有问题。
原因是当 jupyter 想要导入一个包时，它会在工作目录中查找它，而当它找不到该包时，它会返回此类错误。
我们可以做的是解决这个问题，如下所示：
1）检查 Graphviz 是否安装在您的系统上，如果没有，您可以从以下位置下载并安装它：

https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html
然后安装它。安装 Graphviz 时，请记住要安装它的位置（在哪个文件夹中）。如果你在使用的时候看到上面的错误

import graphviz

那么你有几个选择：

2）您可以通过调用ipynb中的.exe文件

import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + r'the Graphviz bin file address on your system'

根据我的经验，它只适用于我正在使用的同一个 ipynb，每次打开笔记本时，我都需要调用这行代码。

3）如果你想让Jupyter在哪里找到exe文件，你需要设置环境路径。
在 Windows 10 中，您可以执行以下操作：
控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量 > 路径 > 编辑 > 新建
，然后在 Windows 8 或更低版本中添加“系统上的 Graphviz bin 文件地址”转到：
控制面板>系统和安全>系统>高级系统设置>环境变量
，然后将;（分号）+“系统上的Graphviz bin文件地址”添加到路径字符串的末尾
注意：

4）即使这不起作用，定义一个变量去：
控制面板>系统和安全>系统>高级系统设置>环境变量，然后：

然后定义一个变量如下：

请记住将变量命名为 Graphviz。最后重启你的电脑，希望它能正常工作。

score 5 · Accepted Answer

5

只需安装

conda install graphviz

然后安装

conda install -c conda-forge pydotplus

于 2017-06-26T07:36:05.730 回答

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看起来，Graphviz2.37 在 Windows 上的 PATH 变量存在问题。我卸载了它，删除了与之关联的环境变量，而是下载并安装了更新的 beta 版本 2.39，它现在就像一个魅力。

score 3 · Accepted Answer

对于 windows 8.1 & python 2.7，我按照以下步骤解决了这个问题

1. 下载并安装 graphviz-2.38.msi http://www.graphviz.org/pub/graphviz/stable/windows/graphviz-2.38.msi

2. 设置路径变量

控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量 > 路径 > 编辑
添加 'C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin'

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我尝试设置环境变量。没用。我在 Windows 环境中结合上述方法对我有用：

从https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html下载 graphviz-2.38.zip
将提取的文件夹复制到 C:\Users\\AppData\Local\Continuum\anaconda3\pkgs\Graphviz2.38

我在代码中调用了 Graphviz 位置

构建分类器

import sklearn.datasets as datasets
import pandas as pd
from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier
iris=datasets.load_iris()
df=pd.DataFrame(iris.data, columns=iris.feature_names)
y=iris.target

dtree=DecisionTreeClassifier()
dtree.fit(df,y)

构建树

from sklearn.externals.six import StringIO  
from IPython.display import Image  
from sklearn.tree import export_graphviz
import pydotplus
import graphviz
import os
os.environ\["PATH"\] += os.pathsep + 'C:/Users/tstusr/AppData/Local/Continuum/anaconda3/pkgs/Graphviz2.38/bin'

dot_data = StringIO()
export_graphviz(dtree, out_file=dot_data,  
                filled=True, rounded=True,
                special_characters=True)
graph = pydotplus.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())  
Image(graph.create_png())

这是树的外观：

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我在 Anaconda 3 上使用 Windows 10、Python 3.6 并遇到了同样的问题。

我通过按顺序执行以下操作使其工作：

从 Anaconda 终端： pip install pydotplus
从 Anaconda 终端： conda install pydotplus
从 Anaconda 终端： pip install graphviz
从 Anaconda 终端： conda install graphviz
转到 Windows Environment Varialbes，PATH，并在 Anaconda 的 graphviz 目录下添加了我的 dot.exe 文件的位置。

在那之后工作得很好。

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我在尝试通过 pydotplus 和 graphviz 创建决策树时遇到了同样的问题。并使用路径变量的方法解决了这个问题。

以下是我使用的确切步骤：

虽然我已经通过 conda install 命令获得了 graphviz，但我从下面的路径重新下载了最新的包。 https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html 下载：graphviz-2.38.zip（稳定版）
将提取的文件夹复制到 C: Drive 上的以下路径下。C:\程序文件 (x86)\
修改系统路径变量并添加以下路径。路径变量：控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量 > 路径 C:\Program Files (x86)\graphviz-2.38\release\bin;
将上述路径添加到环境变量后，重新启动系统。
它工作正常，我能够将决策树创建为 png。

在此处输入图像描述

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我通过首先卸载所有已安装的 pydot、pydotplus 和 graphvis 版本解决了这个问题

pip uninstall pydot 
pip uninstall pydotplus
pip uninstall graphviz

然后我重新安装了它们：

conda install graphviz
conda install pydot
conda install pydotplus

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尝试了很多方法，这才是真正解决问题的方法 - 它适用于 windows 8.1/10 和 python 3 。

1. 点安装graphviz

2. 所需的关键操作是通过以下步骤设置路径变量：

一个。控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量 > 路径 > 编辑 b. 添加 'C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin'

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我在 Windows 10 上遇到了同样的问题。

首先，我graphviz-2.38.0使用以下命令安装没有任何问题...

install -c anaconda graphviz=2.38.0

其次，我pydotplus使用以下命令安装没有任何问题......

install -c conda-forge pydotplus

在那之后，当我开始可视化我的决策树时，遇到了以下问题{InvocationException: GraphViz's executables not found}......

C:\Users\admin\Anaconda3\lib\site-packages\pydotplus\graphviz.py in create(self, prog, format)
   1958             if self.progs is None:
   1959                 raise InvocationException(
-> 1960                     'GraphViz\'s executables not found')
   1961 
   1962         if prog not in self.progs:

InvocationException: GraphViz's executables not found

就我而言，修复它所需要做的就是将graphviz可执行文件的环境路径放在我的用户PATH环境变量中，这样就修复了它。只要确保它是YOUR.exe文件所在的路径:)

C:\Users\admin\Anaconda3\pkgs\graphviz-2.38.0-4\Library\bin\graphviz

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尝试

import os

os.environ['PATH']=os.environ['PATH']+';'+os.environ['CONDA_PREFIX']+r"\Library\bin\graphviz"

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在 Windows 上

首先，我们需要使用以下命令安装库pip：

pip install graphviz

然后，我们可以尝试运行以下命令（如其他答案所建议）：

conda install graphviz

然而，对我来说，这导致了 HTTP 错误

参考官方文档后，我最终选择了graphviz通过Chocolatey Package Manager安装的路径。

以管理员模式打开您的 shell，然后运行以下命令：

choco install graphviz -y

重启内核，问题就解决了。

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对于所有在 Windows 10 中遇到此问题的人，即使在尝试了上述步骤后，这对我也有效 - 对于尝试调试此相同错误的 Windows 10 用户，请以管理员身份启动 CMD（重要！）并运行dot -c然后运行dot -v
此修复我的问题

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这是我用过的新解决方案:)

我遇到了同样的问题，我正在使用 Anaconda 和 Jupyter Notebook。

我为解决这个问题所做的不是从互联网安装 Graphiz.zip！

我刚刚做了这些步骤：

使用 >> 创建一个新环境conda create -n [env_name]
在这个新环境中安装 graphviz lib：>>conda install graphviz
我在笔记本单元格中写了这些行并运行它import os os.environ['PATH'] = os.environ['PATH']+';'+os.environ['CONDA_PREFIX']+r"\Library\bin\graphviz"

最后，图像出现了，我为此做了一个小聚会，因为我花了 3 天时间 :(

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为 Anaconda - Jupiternotebook 配置 Graphviz 的完整步骤：

从以下网址下载并安装“Windows 10 的 EXE 安装程序”：https ://graphviz.org/download/

环境变量：将 C:\Program Files\Graphviz 2.44.1\bin 添加到用户路径

环境变量：将 C:\Program Files\Graphviz 2.44.1\bin\dot.exe 添加到系统路径

安装 graphviz 后检查以下步骤：

点安装graphviz。
点安装 pydotplus
康达安装 pydotplus
添加环境变量的路径（C:\Users<username>\anaconda3\Library\bin\graphviz）
重新启动 anaconda jupiter notebook 内核（如果已经运行）。

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我不确定这是否是对这个问题的回答，但这似乎也是“我如何让 graphviz 在我的设置上运行？” 线。我也没有看到python-graphviz任何地方提到。

因此：Ubuntu 16.04，conda Python 3.7，使用 Jupyter 笔记本。

conda install -c anaconda graphviz
conda install -c conda-forge python-graphviz

仅尝试第一个命令后图像不会呈现；他们在运行第二个之后确实渲染了。

我也安装了pydot-plus，但没有看到行为、性能或图像分辨率有任何变化。

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对我来说（Windows 10 + Pycharm2020）这行得通：

添加C:\Program Files\Graphviz\bin到 PATH（Graphviz 二进制文件的路径）
重启- 也许 PyCharm 重启就足够了

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我刚刚遇到了同样的问题。这是我的解决方案。

1.）安装graphviz

确保您可以找到此文件夹 INSTALL_LOCATION\"Graphviz2.38\bin"

2.) 对于 Dot 对象，添加此代码

dot.set_graphviz_executables( {'dot': r'C:\Program Files\Graphviz\bin\dot.exe'})

在 graphviz.py 中，它确实提供了这个功能来手动设置执行文件的路径。然后，您应该能够运行代码。

仅供参考：这是来自 set_graphviz_executables 的描述

    This method allows to manually specify the location of the GraphViz
    executables.

    The argument to this method should be a dictionary where the keys are
    as follows:

        {'dot': '', 'twopi': '', 'neato': '', 'circo': '', 'fdp': ''}

    and the values are the paths to the corresponding executable,
    including the name of the executable itself.

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我在使用 Jupyter 的 Ubuntu(14.04) 上遇到了同样的问题。

为了解决它，我将点库添加到 python sys.path

首先：检查是否安装了dot，

然后：找到他的路径whereis dot-> /local/notebook/miniconda2/envs/ik2/bin/dot

最后在 python 脚本中： sys.path.append("/local/notebook/miniconda2/envs/ik2/bin/dot")

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我在这个问题上被困了很长时间，但过了一段时间我找到了解决方案：

点安装graphviz
康达安装graphviz
现在再次从 => https://graphviz.org/_pages/Download/Download_windows.html（msi文件）安装 graphviz
设置完成后设置路径 => C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin;

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对我有用的最简单的解决方案（Windows 10，Jupyter Notebook）是执行以下操作：

点安装graphviz
重启 jupyter
将以下代码放入笔记本并执行：

import sys

sys.path.append('C:/Users/usrname/AppData/Local/Continuum/anaconda3/Library/bin/graphviz/')

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请使用 pydotplus 而不是 pydot

寻找：C:\Users\zhangqianyuan\AppData\Local\Programs\Python\Python36\Lib\site-packages\pydotplus
打开graphviz.py
找到第1925行-第1972行，找到函数：
```
def create(self, prog=None, format='ps'):
```

在函数中找到：

if prog not in self.progs:
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "%s" not found' % prog)

if not os.path.exists(self.progs[prog]) or \
        not os.path.isfile(self.progs[prog]):
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "{}" is not'
        ' a file or doesn\'t exist'.format(self.progs[prog])
    )

在两个块之间添加这个（你的 Graphviz 的可执行路径）：

  self.progs[prog] = "C:/Program Files (x86)/Graphviz2.38/bin/gvedit.exe"`

添加后的结果是：

if prog not in self.progs:
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "%s" not found' % prog)

self.progs[prog] = "C:/Program Files (x86)/Graphviz2.38/bin/gvedit.exe"

if not os.path.exists(self.progs[prog]) or \
        not os.path.isfile(self.progs[prog]):
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "{}" is not'
        ' a file or doesn\'t exist'.format(self.progs[prog])
    )

保存更改的文件，然后您可以成功运行它。
您最好将其保存为 bmp 文件，因为 png 文件将不起作用。

python - 未找到 Graphviz 的可执行文件（Python 3.4）

31 回答 31

构建分类器

构建树

这是树的外观：

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Reference