protein-database - 相互作用蛋白数据库

Question

我正在做一个蛋白质蛋白质相互作用网络聚类项目。为了测试结果，我从 DIP 数据库下载了数据集。每个蛋白质都有 DIP-id，我想将集群（DIP-id 作为蛋白质名称）与黄金数据集 CYC2008 进行比较，后者在复杂定义中具有通用名称/ORF 名称作为蛋白质名称。任何人都可以帮助我将 DIP-id 转换为基因名称。例如 DIP-839N 到 Taf1p 。

Answer 1

显而易见且最简单的方法是让数据库管理人员为您做这件事。承包商可以非常便宜地做到这一点，但如果数据库是 SQL 数据库，则只需使用

SELECT * FROM protein WHERE DIP-id='DIP-839N'

之后你会想要

UPDATE table_name
SET column1=value1,column2=value2,...
WHERE some_column=some_value;

你可以把它和类似的东西放在一起

update
    Table
set
    Table.example = a.value
from
    TableExample a
where
    Table.field = "key value"

如果您将数据库发送给我，我也许可以进行准确的查询。

此外，使用某些数据库工具，您也许可以将其插入 Access、Excel、Google Docs 或类似的东西中。虽然我不熟悉这个数据库。