regex - 无法让 bash 匹配 if 语句中由 [[ ]] 分隔的正则表达式中的空格

Question

我正在开发一个简单的脚本来逐行读取文件，评估每一行的内容，并根据行号处理行数据。出于某种原因，我无法获得与空格匹配的正则表达式。[:space:], [[:space:]], [:blank:], \s, \ , , 和 " " 都失败了。

我的数据格式如下（fastq格式）：

    @SRR573708.2 2 length=100
    AAAACGTTAATATTTATTGAAATTGTT
    +SRR573708.2 2 length=100
    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

我想将其重新格式化为：

    @SRR573708.2/2
    AAAACGTTAATATTTATTGAAATTGTT
    +SRR573708.2/2
    HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

然而，重要的是，在将其打印到新文件之前，我会检查每一行以确保其格式正确。我上次生成重新格式化文件的尝试在文件末尾产生了一些非常奇怪的结果。我的代码是：

    i=1
    while read LINE; do
        if (( $i > 4 )); then break; fi
        if (( $i % 4 == 1 )); then
            if [[ $data =~ ^@SRR[0-9]{6}[[:blank:]] ]]; then
                awk -v IFS=" " -v OFS="" -v ORS="" -v SUFFIX=$SUFFIX -v OUTPUT_FILE=$OUTPUT_FILE ' {print $1,SUFFIX,"\n"    } ' <<< $data
                i=$(( $i + 1 ))
            else
                echo -e "error at line ${i}"; echo "${data}"; exit 1; fi
        elif (( $i % 4 == 2 )); then echo -e "$LINE" 
            i=$(( $i + 1 ))

        elif (( $i % 4 == 3 )); then
            echo $data
            awk -v IFS=" " -v OFS="" -v ORS="" -v SUFFIX=$SUFFIX -v OUTPUT_FILE=$OUTPUT_FILE ' {print $1,SUFFIX,"\n"  } ' <<< $data
            i=$(( $i + 1 ))

elif (( $i % 4 == 0 )); then echo -e "$LINE" 
    i=$(( $i + 1 ))

else
    echo -e "number of liness is not divisible by 4. Program Terminated.\nProblem encountered at line ${i}."
    exit 1
fi

done < $INPUT_FILE

我收到错误消息：

    error at line 1
    @SRR573708.2 2 length=100

关于如何在正则表达式 if 语句中匹配空格的任何建议，最好只匹配空格和制表符而不是换行符。

Answer 1

下面是一个工作的 awk 代码（尽管它不像 rici 的代码那样优雅和精简）：

    awk -v i=1 -v IFS=" " -v OFS="" -v ORS="" -v SUFFIX=$SUFFIX -v OUTPUT_FILE=$OUTPUT_FILE -v nchars=0 -v DIRECTION=$DIRECTION ' {
        if (i%4==1 && $0~/^@SRR[0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9]\.[0-9]+\.$DIRECTION[[:blank:]][0-9]+[[:blank:]]length=100$/)
            { printf "%s%s\n",$1,SUFFIX >> OUTPUT_FILE; i++ }
        else if (i%4==2 && $0~/^[AGCTNagctn\-]+$/)
            { nchars=length($0);printf "%s\n",$1 >> OUTPUT_FILE;i++ }
        else if (i%4==3 && $0~/^\+SRR[0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9]\.[0-9]+[[:blank:]][0-9]+[[:blank:]]length=100$/)
            { printf "%s%s\n",$1,SUFFIX >> OUTPUT_FILE; i++}
        else if (i%4==0 && $0~/.*/ && nchars==length($0))
            { printf "%s\n",$1 >> OUTPUT_FILE;i++}
        else
            {printf "error at line %s:\n%s\n\n",i,$0; exit 1}
        }' $INPUT_FILE