我刚刚将 MySQL 从5.1升级到5.5。
我修复了一些运行问题mysql_upgrade，并更改了一些不推荐使用的配置......
我还更新了 PHP，从5.3.3-7到5.3.29-1.
但是，从那以后，我遇到了一个经常出现的问题（总是按这个顺序抛出）：
1. 客户端* - PHP 警告
警告：数据包乱序。预期 1 收到0。/home/www/www.mywebsite.com/shared/vendor/doctrine/dbal/lib/Doctrine/DBAL/Connection.php 行 694 中的数据包大小 = 1
2. 客户端* - PHP 警告
警告：PDOStatement::execute() [pdostatement.execute]：在 /home/www/www.mywebsite.com/shared/vendor/doctrine/dbal/lib/Doctrine/DBAL/Connection.php 行 694 中读取结果集的标头时出错
3. 服务器* - MySQL 警告：
150127 17:25:15 [警告] 中止连接 309 到 db：“my_database”用户：“root”主机：“127.0.0.1”（读取通信数据包时出错）
4. 客户端* - PHP 错误
PDOStatement::execute() [pdostatement.execute]： MySQL 服务器已在 /home/www/www.mywebsite.com/shared/vendor/doctrine/dbal/lib/Doctrine/DBAL/Connection.php 第 694 行消失
*注意：我所说的“客户端”是 PHP 应用程序，而“服务器”是 MySQL 服务器，即使它们都在同一个本地主机服务器上。
所以，显然，所有这些问题的根源是第一个：“数据包乱序”。
但是当我搜索这个错误时，我找不到很多答案，而且它们大多数时候与我的问题无关：我使用 Doctrine 作为抽象，所以我自己不编写任何查询或获取任何结果。另外，它的值几乎与我不同，但在我的情况下，我总是得到这些值（“预期 1 收到 0。数据包大小 = 1 ”）。
最接近的结果是这个 MySQL 错误报告，但是“一个多月没有为这个错误提供任何反馈，所以它正在自动暂停”......
另外，我的 PHP Doctrine 代码不会引发一些“ 2. ”错误（它们不是从我的本地主机执行，而是从另一个已知的外部服务执行，可能使用一些旧的 PHP Propel 代码）。
所以这可能意味着我的 MySQL 配置本身存在问题，但是我尝试更改一些参数而没有获得任何明显的效果（例如，有时在重新启动 MySQL 后需要更多时间才能获得第一个错误）。
任何帮助将不胜感激！
这是我当前的配置 （我有 2 个 MySQL 实例，第二个使用复制的实例主要用于只读）。我还用 Munin 检查了大部分系统资源，没有发现任何异常（例如 RAM 使用率很高，但由于服务器上有 50Go，它根本没有满）。
更新
我从我的 PHP 客户端中隔离了一个反复失败的 SQL 查询。当我使用 MySQL Workbench 从本地执行时，它的效果完全相同（用一条MySQL server has gone away消息关闭了连接）。当我sql从命令行执行此操作时，它也执行相同操作。然后我从sql服务器主机上的命令行执行它，它成功了。但是一段时间后，当我从 Workbench 再次尝试/无论它工作时......所以看起来那些“损坏的数据包”被缓存并在一段时间后消失。