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我遇到了一个我无法以任何方式解决的奇怪问题，我希望这里的人可以更好地了解问题所在；

我无法使用 RWebLogo 包 - 由于同样缺少 Ghostscript 错误，我什至无法运行最简单的示例。

例如运行：

library(RWebLogo)
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf')

引发此错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module>
    weblogolib._cli.main()
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main
    formatter(data, format, opts.fout)
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter
    gs = GhostscriptAPI()    
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path

我已经在终端中使用 configure/make/install 安装了 ghostscript 9.15 版，然后将 PATH 添加到 bash 配置文件并执行它。当我在终端中运行 gs 时，它可以工作，确认它已设置为系统路径，但仍然出现相同的错误。即使重新启动后。

我尝试将 gs 直接添加到 R 中的环境中：

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")

这也没有帮助...给出完全相同的错误。当我搜索 R 环境时，它显示 gs 在那里。

重要版本信息：

MAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3

您知道可能导致此问题的任何问题吗？我是编程新手，所以我担心我可能会遗漏一些基本的东西。我将不胜感激任何建议。谢谢！

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我已经与 RWebLogo 的作者 Omar 取得了联系，他在查明我的问题和解决问题方面非常有帮助。

首先，他建议在终端上的一个测试序列上运行 RWebLogo：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt -o ~ /Desktop/out.pdf -F pdf

将上面脚本的基本目录（extdata/weblogo ...之前的所有内容）更改为以下命令在R中为您提供的任何内容：

system.file(package = 'RWebLogo')

我运行它并得到一个新错误：缺少 numpy. 我实际上安装了 numpy，但没有完整的用户权限。重新安装 numpy 后，RWebLogo 已从终端成功运行。

尽管如此，RStudio 还是抛出了 GhostScript 错误。Omar 建议在 Yosemite 上运行的旧版本 RStudio 存在问题（我目前有 10.10.1），并向我发送了一个链接，指向已修复问题的更新 RStudio 版本。

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

我得到了更新的 RStudio，现在一切正常。希望这可以帮助有类似问题的人！

于 2015-01-16T17:37:13.487 回答