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我很难理解 SLURM 从sbatch脚本启动作业的方式。似乎 SLURM 忽略了--ntasks参数并srun立即启动了我的批处理文件中的所有任务。这是一个示例，对 StackOverflow 上此答案的代码稍作修改：

$ salloc --ntasks=1 --ntasks-per-core=1
salloc: Granted job allocation 1172
$ srun -n 1 sleep 10 & time srun -n 1 echo ok
[1] 5023
srun: cluster configuration lacks support for cpu binding
srun: cluster configuration lacks support for cpu binding
ok

real    0m0.052s
user    0m0.004s
sys 0m0.012s

因此，在我的设置中，srun echo命令正在立即运行，而我希望它在srun sleep 10命令完成后运行。

我正在使用 SLURM 2.6.5 在我的 8 核个人工作站上安排和提交作业，并且我自己安装了它——因此完全有可能配置失败。以下是 slurm.conf 文件中的一些相关部分：

# SCHEDULING
SchedulerType=sched/backfill
SelectType=select/cons_res
SelectTypeParameters=CR_CPU
# COMPUTE NODES
NodeName=Tom NodeAddr=localhost CPUs=7 RealMemory=28100 State=UNKNOWN
PartitionName=Tom Nodes=Tom Default=YES MaxTime=INFINITE State=UP

这是printenv | grep SLURM运行后的输出salloc --ntasks=1

SLURM_NODELIST=Tom
SLURM_NODE_ALIASES=(null)
SLURM_MEM_PER_CPU=4100
SLURM_NNODES=1
SLURM_JOBID=1185
SLURM_NTASKS=1
SLURM_TASKS_PER_NODE=1
SLURM_JOB_ID=1185
SLURM_SUBMIT_DIR=/home/tom/
SLURM_NPROCS=1
SLURM_JOB_NODELIST=Tom
SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE=1
SLURM_SUBMIT_HOST=Tom
SLURM_JOB_NUM_NODES=1

我很感激任何意见或建议。如果需要更多信息，请告诉我。

谢谢阅读，

汤姆

玩了几遍后更新

我已经取得了一些进展，但我仍然没有完全得到我想要的行为。

如果我使用--exclusive我可以获得echo等待步骤的sleep步骤：

salloc --ntasks=1
salloc: Granted job allocation 2387
srun -n 1 --exclusive sleep 10 & time srun -n 1 --exclusive echo ok
[1] 16602
ok
[1]+  Done                    srun -n 1 --exclusive sleep 10

real    0m10.094s
user    0m0.017s
sys 0m0.037s

和

salloc --ntasks=2
salloc: Granted job allocation 2388
srun -n 1 --exclusive sleep 10 & time srun -n 1 --exclusive echo ok
[1] 16683
ok

real    0m0.067s
user    0m0.005s
sys 0m0.020s

但是，如果我正在运行一个多步骤作业，其中每个步骤都需要多个处理器，我仍然不知道如何正确执行此操作，例如

salloc --ntasks=6
salloc: Granted job allocation 2389
srun -n 2 --exclusive stress -c 2 &
srun -n 2 --exclusive stress -c 2 &
srun -n 2 --exclusive stress -c 2 &

会给我12个stress进程，也会

salloc --ntasks=6
salloc: Granted job allocation 2390
srun -n 1 --exclusive stress -c 2 &
srun -n 1 --exclusive stress -c 2 &
srun -n 1 --exclusive stress -c 2 &
srun -n 1 --exclusive stress -c 2 &
srun -n 1 --exclusive stress -c 2 &
srun -n 1 --exclusive stress -c 2 &

那么，如果我希望我的sbatch脚本占用 6 个处理器并一次启动三个步骤，每个步骤有 2 个处理器，我该怎么办？使用正确srun --exclusive -n 1 -c 2 stress -c 2吗？

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1 回答 1

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我认为缺少的部分是--exclusive和--cpus-per-task论点。我得到了我正在寻找的行为

salloc --ntasks=6
salloc: Granted job allocation 2457
srun --exclusive --ntasks=1 --cpus-per-task=2 stress -c 2 &
srun --exclusive --ntasks=1 --cpus-per-task=2 stress -c 2 &
srun --exclusive --ntasks=1 --cpus-per-task=2 stress -c 2 &
srun --exclusive --ntasks=1 --cpus-per-task=2 stress -c 2 &

这将启动 6 个stress进程；第 4 个stress命令在最后等待轮到它。

这可能很明显，但需要一段时间才能弄清楚！

于 2015-06-24T16:40:39.583 回答