r - 跨 netcdf 文件计算百分位数失败

Question

我有五个 netcdf 文件，其中每个文件都包含一个时间段的数据。我想单独计算每个单元格的整个时间跨度的第 98 个百分位数。netcdf 文件的累积文件大小约为 250 MB。

我的做法是：

library(raster)

  fileType="\\.nc$"
  filenameList <- list.files(path=getwd(), pattern=fileType, full.names=F, recursive=FALSE)
  #rasterStack for all layers
  rasterStack <- stack()

  #stack all data
  for(i in 1:length(filenameList)){

    filename <- filenameList[i]
    stack.temp<-stack(filename)
    rasterStack<-stack(rasterStack, stack.temp)

  }

  #calculate raster containing the 98th percentiles
  result <- calc(rasterStack,  fun = function(x) {quantile(x,probs = .98,na.rm=TRUE)} )

但是，我收到此错误：

Error in ncdf4::nc_close(x@file@con) : 
  no slot of name "con" for this object of class ".RasterFile"

我的代码的堆叠部分有效，崩溃发生在 calc 函数期间。你知道这可能来自哪里吗？这可能是数据存储位置（内存/磁盘）的问题吗？

Answer 1

奇怪，我生成了一些虚拟数据，它似乎工作得很好，这似乎不是你的方法。250MB 不算太大。我会剪下每个光栅的一小块并测试它是否有效。

dat<-matrix(rnorm(16), 4, 4)
r1<-raster(dat)
r2<-r1*2
r3<-r2+1
r4<-r3+4
rStack <- stack(r1,r2,r3,r4)
result <- calc(rStack,  fun = function(x) {quantile(x,probs = .98)} )

Answer 2

也许这与您创建 RasterStack 的奇怪方式有关。你应该简单地做：

  filenames <- list.files(pattern="\\.nc$")
  rasterStack <- stack(filenames)