r - 阴影图/网络图？

Question

我正在尝试绘制相当大且密集的网络（dput here）。我最终得到的只是一堆重叠的点，这并不能真正让我了解网络的结构或密度：

library(sna)
plot(data, mode = "fruchtermanreingold")

但是，我已经看到了利用褪色来可视化点重叠程度的图，例如：

如何在图表中实现这种“淡化”？

Answer 1

这是一种方法：

library(sna)
library(network)

source("modifieddatafromgist.R")

plot.network(data, 
             vertex.col="#FF000020", 
             vertex.border="#FF000020", 
             edge.col="#FFFFFF")

首先，我data <-在要点中添加了一个，以便可以获取它。

其次，您需要确保正确library调用，以便正确分配对象类并使用正确的plot函数。

第三，您应该使用fruchtermanreingold布局的额外参数（这是 的默认参数plot.network）来扩大区域并增加迭代次数。

第四，你应该set.seed在情节之前做一个，这样人们就可以重现输出示例。

第五，我特意删除了 cruft 以便您可以看到点重叠，但是您可以更改边和顶点的 alpha（并且您也应该更改边宽度）以获得您想要的结果。

有大量帮助?plot.network可帮助您配置这些选项。