regex - sed 在两个匹配之间打印，并替换为信息

Question

我想从多个文件的一行中获取一个 ID，然后在使用 sed 之前和之后添加一些信息——我不想使用其他任何东西。例如，原始行如下所示：

19F_4414_2.aln:>tai19F_14 Taiwan19F_14

我想打印：

pathfind -t lane -id tai19F_14 -f fastq -l .

到目前为止，我有：

grep ">" 19F_4414*.aln | sed -e 's/^.*>/pathfind -t lane -id /1; s/ .*//5'

第一个替换有效，但第二部分无效。如果我添加星号，它不会替换行尾，但单个句号只会替换一个字母。如果你能告诉我为什么，以及如何解决这个问题。

Answer 1

我会这样尝试

sed 's/.*aln:>\(\S*\).*/pathfind -t lane -id \1 -f fastq -l/g'

Answer 2

你可以做：

sed 's/>\([^[:blank:]]*\).*$/pathfind -t lane -id \1 -f fastq -l ./' 19F_4414*.aln
pathfind -t lane -id tai19F_14 -f fastq -l .

Answer 3

这有效：

sed -e 's/^.*>/pathfind -t lane -id /1; s/ [^ ]*$/ -f fastq -l ./'

Where[^ ]*$匹配行尾 ( ) 之前的每个非空格$。

Answer 4

sed -r 's/^.*>(.*) .*/pathfind -t lane -id \1 -f fastq -l/文件名。