我正在尝试在rtracklayer包中使用 LiftOver 函数，但出现一个错误，这是我的代码：
library(rtracklayer)
library(gwascat)
library(IRanges)
chain <- import.chain("bosTau6.hg19.all.chain")
df <- read.table(textConnection("chr start end
chr5 58024309 58039917"), header =T)
library(GenomicRanges)
gr <- makeGRangesFromDataFrame(df, TRUE)
humcon <- liftOver(gr, chain)
要将链文件下载并解压缩到我使用的工作文件夹中：
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bosTau6/vsHg19/bosTau6.hg19.all.chain.gz
gunzip gunzip bosTau6.hg19.all.chain.gz
错误如下：
Warning message:
'mseqapply' is deprecated.
Use 'as(mapply(FUN, ...), 'List')' instead.
See help("Deprecated")
一些想法为什么它不起作用？谢谢！