python - NetworkX 中的二分图

Question

B.add_nodes_from(a, bipartite=1)
B.add_nodes_from(b, bipartite=0)
nx.draw(B, with_labels = True)  
plt.savefig("graph.png")

我得到下图。我怎样才能使它看起来像一个适当的二部图？

Answer 1

你可以做这样的事情，在特定x坐标从每个分区绘制节点：

X, Y = bipartite.sets(B)
pos = dict()
pos.update( (n, (1, i)) for i, n in enumerate(X) ) # put nodes from X at x=1
pos.update( (n, (2, i)) for i, n in enumerate(Y) ) # put nodes from Y at x=2
nx.draw(B, pos=pos)
plt.show()

关键是dict为nx.draw pos参数创建，即：

以节点为键、位置为值的字典。

请参阅文档。

Answer 2

NetworkX 已经有一个功能可以做到这一点。

它称为networkx.drawing.layout.bipartite_layout

nx.draw您可以使用它来生成字典，该字典通过如下参数提供给绘图函数pos：

nx.draw_networkx(
    B,
    pos = nx.drawing.layout.bipartite_layout(B, B_first_partition_nodes), 
    width = edge_widths*5) # Or whatever other display options you like

完整的二分图在哪里B（表示为常规 networkx 图），以及B_first_partition_nodes您希望放置在第一个分区中的节点。

这会生成一个数字位置字典，并传递给pos绘图函数的参数。您也可以指定布局选项，请参阅主页。

强制性示例输出：

Answer 3

另一个例子，结合图和二分图：

G = nx.read_edgelist('file.txt', delimiter="\t")
aux = G.edges(data=True)
B = nx.Graph()
B.add_nodes_from(list(employees), bipartite=0)
B.add_nodes_from(list(movies), bipartite=1)
B.add_edges_from(aux)

%matplotlib notebook
import [matplotlib][1].pyplot as plt
plt.figure()

edges = B.edges()
print(edges)
X, Y = bipartite.sets(B)
pos = dict()
pos.update( (n, (1, i)) for i, n in enumerate(X) ) # put nodes from X at x=1
pos.update( (n, (2, i)) for i, n in enumerate(Y) ) # put nodes from Y at x=2
nx.draw_networkx(B, pos=pos, edges=edges)
plt.show()

Answer 4

受mdml 的回答启发，另一种以“经典”方式绘制完整二部图的方法：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

m, n = 5, 10
K = nx.complete_bipartite_graph(m, n)
pos = {}
pos.update((i, (i - m/2, 1)) for i in range(m))
pos.update((i, (i - m - n/2, 0)) for i in range(m, m + n))

fig, ax = plt.subplots()
fig.set_size_inches(15, 4)
nx.draw(K, with_labels=True, pos=pos, node_size=300, width=0.4)
plt.show()