我正在尝试将此脚本(vcf-consensus)与一个简单的示例一起使用,但我有一个错误:在 fasta 文件中找不到序列“7”。
语法是:
Usage: cat ref.fa | vcf-consensus [OPTIONS] in.vcf.gz > out.fa
我的 FASTA 文件是:
TGGCTGGAACGGGACCTCACATTCTGTATTTGTCCCGATTGGCTAGCAACTTAGAACTTT
我的 VCF 文件是:
##fileformat=VCFv4.1
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT SAMPLE
7 1 . T A . . . GT 0/1
7 2 . G A . . . GT 0/1
7 3 . G A . . . GT 0/1
7 4 . C A . . . GT 0/1
我通过 bgzip 压缩并通过 tabix 索引 VCF 文件:
bgzip vcfFile.vcf
tabix -p vcfFile.vcf.gz
然后,我执行:
cat fastaFile.fa | vcf-consensus vcfFile.vcf.gz > out.fa
我收到此错误:在 fasta 文件中找不到序列“7”。
有人知道吗?
谢谢。