我对 R 比较陌生。我在一个赛季中重复进行了 10 分钟的计分。我有 50 个站点(半径 100 m)重复了 3 次调查,并且每个单独的观测值(n = 1108)都以离散的距离间隔记录(即,每次调查期间每个站点的观测数并不总是相等)。对每个地点(n = 50)测量一次栖息地变量,并在每次调查中为每个地点测量检测协变量(n = 150)。
我希望测试各种栖息地指标对鸣禽丰度/密度的影响,在我的模型中包含检测协变量,并在我的设计中考虑重复测量。我认为'distsamp'最适合这个,但不确定(尤其是在如何处理重复措施方面)。
我遵循了 Chandler 的“未标记的距离采样分析(2011 年)”,并且在我添加检测协变量(使用 distsamp;在添加丰度/密度栖息地预测因子之前)之前,一切似乎都有效,运行我的模型时会产生警告:“在 lambda *答:较长的对象长度不是较短对象长度的倍数”。
(a) 我是否使用了适当的拟合函数(即 distsamp vs. gdistsamp vs. pcount vs.???) (b) 为什么我会收到此警告消息?
这是我的代码:
dists <-read.csv("file/path.csv")
变量子集(用作检测协变量)
jdate<-(dists$day.julian)
daytime<-(dists$time.hour.num)
head(dists, 1108)
'point' 包含字符+数字的站点名称(例如,'sweco03')
levels(dists$point) <- c(levels(dists$point), "sweco03")
levels(dists$point)
以 10 m 的距离间隔记录到 100 m 的单个观测值
umf <-unmarkedFrameDS(y = as.matrix(yDat), survey = "point", dist.breaks = c(0,10,20,30,40,50,60,70,80,90,100), unitsIn = "m")
summary(umf)
确定最佳检测功能
`hn_Null <- distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "halfnorm", output = "density", unitsOut = "ha")
haz_Null <-distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "hazard") #lowest AIC
uni_Null <- distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "uniform")
exp_Null <- distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "exp") `
检验检测协变量的拟合度
model1 <-distsamp (~1 ~jdate, umf, keyfun = "hazard")
model2 <-distsamp (~1 ~daytime, umf, keyfun = "hazard")