r - 在 Yosemite OSX 中使用带有 foreach 和 doMC 的随机森林的问题

Question

自从在我 2012 年末的 mac mini 上更新到 Yosemite OSX 以来，我所有使用 foreach 和 doMC 进行并行计算的脚本都抛出了以下错误：

The process has forked and you cannot use this CoreFoundation functionality safely. You MUST exec().
Break on __THE_PROCESS_HAS_FORKED_AND_YOU_CANNOT_USE_THIS_COREFOUNDATION_FUNCTIONALITY___YOU_MUST_EXEC__() to debug.

计算完成，但除了控制台中的错误输出之外，我还剩下 8 个打开的僵尸节点。当执行多个并行脚本时，这会导致系统被这些僵尸节点淹没，它们会在后台烧毁 CPU 和 RAM，从而迅速破坏整个进程：

由于问题与系统有关，我不确定是否可以提供一个在您的机器上也会失败的最小示例，但以下脚本会在我的机器上重现该错误。

install.packages(c('foreach', 'doMC', 'bigrf'))
library(bigrf)
data(Cars93, package="MASS")
x <- Cars93
y <- Cars93$Type
vars <- c(4:22)
forest <- bigrfc(x, y, ntree=30L, varselect=vars, cachepath=NULL)

有其他 Yosemite 用户遇到过这种情况吗？任何人都知道这里可能发生了什么？我绝对需要解决这个问题，并且宁愿不必通过清除我的硬盘驱动器并重新安装 OSX Mavericks 来解决这个问题。

干杯，

亚伦

Answer 1

以上@SteveWeston 回答：

最简单的解决方法是在终端窗口中使用 R CMD BATCH script.R 或 Rscript script.R 运行脚本文件。例如，将以下示例另存为test_case.R

library(bigrf)
library(doMC)
data(Cars93, package="MASS")
registerDoMC(detectCores())
x <- Cars93
y <- Cars93$Type
vars <- c(4:22)
forest <- bigrfc(x, y, ntree=30L, varselect=vars, cachepath=NULL)
preds <- predict(forest, x)
print(preds)

通过更改到该驱动器并运行 Rscript test_case.R，从您将其保存在计算机上的任何位置运行此文件。完美的执行，没有僵尸节点。我想知道为什么问题出现在 GUI 中？

谢谢你，史蒂夫！

干杯，

亚伦

Answer 2

您可以更轻松地转到Advanced options和取消选择Use multithreading for calculations。这样你就可以避免分叉。

这对我有用。