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我试图使用系统命令从 R 代码中调用可执行文件。如果我在终端中使用命令行调用 R，然后执行system("mothur"). 但是，如果从 R 脚本（在 RStudio 上）中执行相同的命令，我会得到：sh: mothur: command not found.

在这两种情况下，当前工作目录都是相同的。

我需要以不同的方式调用命令吗？

谢谢！

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我正在努力在我自己的系统上复制这个问题，但我认为答案是调用which并使用输出来打开应用程序。which如果在系统命令行中使用时提供正确的路径，这应该可以工作：

system("$(which mothur)")
于 2020-10-13T12:08:21.650 回答