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我喜欢在多个细节层次上提供研究的想法，即，为随意好奇的人提供摘要，为更感兴趣的人提供全文，最后为在同一领域工作/试图重现您的结果的人提供数据和代码。在实际文本和数据/代码级别之间，我想插入另一层。也就是说，我想创建一种自动生成的附录，其中包含来自分析的完整回归输出、诊断图、探索图数据配置文件等，无论这些图/回归等是否进入最终论文。

我的一个想法是编写一个脚本来自动检查 .Rnw 文件：

  • 分析所有加载的数据集（有点像 Hmisc(?) 包）
  • 总结所有回归 - 即，对所有模型运​​行 summary(model)
  • 展示所有情节（无论他们是否在最终版本中制作）

这个想法是让这种事情变得省力，按钮式的东西，而不是像论文的其余部分那样编写正式的附录。我正在寻找的是关于如何以相对简单的方式在 R 中执行此操作的一些想法。我的预感是有一些方法可以通过命名空间，找出什么是什么，然后转储到 PDF 中。

想法？这样的东西已经存在了吗？

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我们在最近的 JASA 文章中对此进行了尝试：http: //hdl.handle.net/1902.1/12174。你应该能够“制作”整篇论文。关于我们的复制存档需要注意的一件事：我们打包了我们使用的 R 包的版本。事实证明，随着人们改进他们的包，有时他们会更改默认值——这会破坏我们的构建。也许在未来，人们可能会分发一个包括 R 二进制文件的整个虚拟机，这将被称为 [回想一下 round(x,digits=) 是如何丢失其参数并从 R 版本到下一个版本的位置的——制作 round(digits=, x) 在没有警告的情况下提供无意义的结果？]。

无论如何，这是我们对如此复杂的文档的第一次尝试。我在这里有一个较小的版本http://hdl.handle.net/1902.1/13376，它不使用make。

于 2010-05-07T15:57:30.567 回答
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约翰，这听起来很有趣，但是如果您提供数据并且文章采用 sweave 格式，那么这个长日志文件不会是多余的吗？

回到您的问题，您可能想要研究的一个包是zelig，因为它“自动创建复制数据文件，以便您（或者，如果您愿意，其他任何人）可以复制您的分析结果（因此满足复制标准）”。不是你要找的，但复制数据文件的概念可能会给你一些其他的想法。请注意，现在有多个期刊正在使用复制数据文件。

于 2010-04-19T06:26:25.360 回答