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今天我看到一篇关于 stringi 包的新添加的新帖子，您可以在其中将参数添加"overlap=TRUE"到一些 stringi 搜索函数。

这是帖子。

但是，我已经尝试了 bartektartanus 建议的确切代码（从安装到示例），当我运行它时，我收到错误数量的参数（3），期望 2 为 'stri_count_fixed' 

> library("stringi", lib.loc="D:/Program Files/RRO/R-3.1.1/library")
> DNAlst<-list("CAAACTGATTTT","GATGAAAGTAAAATACCG","ATTATGC","TGGA","CGCGCATCAA")
> dna <- stri_paste(rep(c("A","C","G","T"),each=4),c("A","C","G","T"))
> result <- t(sapply(DNAlst, stri_count_fixed,pattern=dna,overlap=TRUE))
Error in .Call("stri_count_fixed", str, pattern, overlap, PACKAGE = "stringi") : 
  Incorrect number of arguments (3), expecting 2 for 'stri_count_fixed'
> colnames(result) <- dna
Error in colnames(result) <- dna : object 'result' not found

我想知道这是否是因为这真的是新事物，或者我做错了什么。

Devtools 版本：1.6
Stringi 版本：0.3-1
R 版本 = 3.1.1 (RRO 8.0 beta)
64bits 在 Windows 8.1 上运行

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2 回答 2

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问题发生是因为 R 试图找到 Rtools，但它找不到。系统快捷方式错误。你需要 Rtools 来正确执行devtools. 可悲的是，当我在做一些完全不相关的事情时，我发现了这一点，即使是使用 Rtools 和devtools大声笑......

> library("devtools", lib.loc="D:/Program Files/RRO/R-3.1.1/library")
WARNING: Rtools is required to build R packages, but the version of Rtools previously
installed in F:/Program Files/Rtools has been deleted.

从这个cran 链接重新安装 Rtools 后，程序按预期工作。

但是，这个版本的安装用stringi了将近半个小时才完成。

于 2014-11-27T20:55:51.487 回答
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你可能安装错了。这种重叠有单独的分支。新的 stringi 版本 0.3 即将发布，尚未包含重叠 :) 但当我们正确测试时，它将与 0.4 版本一起发布。所以现在，从这个分支安装它：fixed_overlap

library('devtools') # call install.packages('devtools') first
install_github('Rexamine/stringi', ref = "fixed_overlap")
于 2014-10-30T07:17:45.233 回答