我正在关注教程(或此处显示的测试代码,我的树看起来与文档中显示的方式完全不同。我的树缺少任何类型的信息,例如节点标签、距离分数等。我查看了 Phylo wiki,但它看起来不完整。我真的很想用相应的名称(来自 phyloxml 文件)以及分支长度标记节点。我在下面发布了我的 phyloxml 文件的链接。任何帮助将不胜感激.
PhyloXML 文件:http ://pastie.org/9661690
这就是我的图表现在的样子:
代码:
import pylab
from Bio import Phylo
tree = Phylo.read('allseqs.dnd', 'newick')
tree.rooted=True
Phylo.draw_graphviz(tree, ,prog = 'neato', node_size =500)
pylab.show()