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我有这个脚本，它对变量数量进行简单的 PCA 分析，最后将两个坐标和另外两个列（存在，NZ_Field）附加到输出文件。我以前做过很多次，但现在它给了我这个错误：

我知道这意味着存在负特征值。我查看了建议使用 na.omit 的类似帖子，但它没有用。我在这里上传了“biodata.Rdata”文件：

协方差矩阵不是非负定的

https://www.dropbox.com/s/1ex2z72lilxe16l/biodata.rdata?dl=0

我很确定这不是因为数据中缺少值，因为我使用了具有不同“存在”和“NZ_Field”列的相同数据。

非常感谢任何帮助。

load("biodata.rdata")

#save data separately
coords=biodata[,1:2]
biovars=biodata[,3:21]
presence=biodata[,22]
NZ_Field=biodata[,23]

#Do PCA
bpc=princomp(biovars ,cor=TRUE)

#re-attach data with auxiliary data..coordinates, presence and NZ location data
PCresults=cbind(coords, bpc$scores[,1:3], presence, NZ_Field)
write.table(PCresults,file= "hlb_pca_all.txt", sep= ",",row.names=FALSE)
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这似乎是缺少数据的问题，因此有几种方法可以处理它。一种方法是在运行 PCA 之前手动对数据进行列表删除，在您的情况下是：

biovars<-biovars[complete.cases(biovars),]

另一种选择是使用另一个包，特别psych似乎在这里运行良好，您可以使用principal(biovars)，虽然输出有点不同，但它确实可以使用成对删除，所以基本上它归结为您是否想使用成对或逐个列表删除。谢谢！

于 2015-11-04T02:33:54.483 回答