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一些 pdb 不能使用 biopython 从 PDB 下载，尽管它们存在于 PDB 中。它会产生错误。此代码用于下载 pdb (2j8e) 它无法下载，但它适用于其他 pdb。

Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12)
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.PDB import PDBList
>>> pdbdownload = PDBList()
>>> pdbid = '2j8e'
>>> downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid)
Downloading PDB structure '2j8e'...

Traceback (most recent call last):
IOError: [Errno ftp error] [Errno ftp error] 550 Can't change directory to pdb2j8e.ent.gz: No such file or directory

这是一个错误。有人遇到过这个问题吗？

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1 回答 1

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对不起，那个文件不存在！自己看：

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/j8/

该目录中没有 pdb2j8e.ent.gz 。如果您尝试下载 2j8f 或任何其他 id，您可以毫无问题地获得它。

该文件已过时，可以从ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/pdb/j8/检索。使用 Biopython，您可以：

downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid, obsolete=True)
于 2014-10-07T11:01:44.017 回答