3

我对 Cuda 比较陌生,我正在尝试编写一个内核来计算查询向量和大型向量数据库之间的绝对差异之和。两者的元素必须是 8 位无符号整数。我的内核基于 nvidias 示例并行缩减内核,我也读过这个线程

我只得到大约 5GB/s,这并不比快速 CPU 好多少,甚至不接近我的 DDR5 GT640 大约 80GB/s 的理论带宽。

我的数据集由 1024 字节的查询向量、100,000 x 1024 字节的数据库组成

我有 128 个线程的 100,000 个块,如果每个块访问相同的 1024 字节 query_vector,那会导致性能变差吗?因为每个块都在访问相同的内存位置。

blockSize 和共享内存都设置为 128 和 128*sizeof(int),128 被 #define'd 为 THREADS_PER_BLOCK

template<UINT blockSize> __global__ void reduction_sum_abs( BYTE* query_vector, BYTE* db_vector, uint32_t* result )
{
    extern __shared__ UINT sum[]; 
    UINT db_linear_index = (blockIdx.y*gridDim.x) + blockIdx.x ; 
    UINT i = threadIdx.x; 

    sum[threadIdx.x] = 0; 

    int* p_q_int = reinterpret_cast<int*>(query_vector); 
    int* p_db_int = reinterpret_cast<int*>(db_vector); 

    while( i < VECTOR_SIZE/4 ) {

        /* memory transaction */
        int q_int = p_q_int[i]; 
        int db_int = p_db_int[db_linear_index*VECTOR_SIZE/4 + i]; 

        uchar4 a0 = *reinterpret_cast<uchar4*>(&q_int); 
        uchar4 b0 = *reinterpret_cast<uchar4*>(&db_int); 

        /* sum of absolute difference */ 
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.x - b0.x ); 
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.y - b0.y ); 
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.z - b0.z ); 
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.w - b0.w ); 

        i += THREADS_PER_BLOCK; 

    }

    __syncthreads(); 

    if ( blockSize >= 128 ) {
        if ( threadIdx.x < 64 ) { 
            sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 64]; 
        }
    }

    /* reduce the final warp */
    if ( threadIdx.x < 32 ) {        
        if ( blockSize >= 64 ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 32]; } __syncthreads(); 

        if ( blockSize >= 32 ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 16]; } __syncthreads(); 

        if ( blockSize >= 16 ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 8 ]; } __syncthreads(); 

        if ( blockSize >= 8  ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 4 ]; } __syncthreads(); 

        if ( blockSize >= 4  ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 2 ]; } __syncthreads(); 

        if ( blockSize >= 2  ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 1 ]; } __syncthreads(); 

    }


    /* copy the sum back to global */
    if ( threadIdx.x == 0 ) {
        result[db_linear_index] = sum[0]; 
    }
}

如果我用注释掉实际绝对差计算的 4 行代码运行内核,我可以获得大约 4 倍的带宽增加,显然它会导致错误的答案,但我相信至少有很大一部分时间是在那里度过。

我是否有可能以访问字节的方式创建银行冲突?如果是这样,我可以避免冲突吗?

我的用法reinterpret_cast正确吗?

有没有更好的方法来进行 8 位无符号计算?

我还能做哪些其他优化(我会假设很多,因为我是一个完全的新手)?

谢谢

编辑:

我的机器规格如下:

视窗 XP 2002 SP3

英特尔 6600 2.40GHz

2GB 内存

GT640 GDDR5 1GB

视觉 C++ 2010 表达

4

2 回答 2

8

对于此类问题,最好的做法是提供完整的代码,有人可以编译和运行,而无需添加任何内容或更改任何内容。一般来说,SO期望这个。由于您的问题也是关于性能的,因此您还应该在完整的代码中包含实际的时序测量方法。

修复错误:

您的代码中至少有 2 个错误,@Jez 已经指出了其中一个错误。在这个“部分减少”步骤之后:

if ( blockSize >= 128 ) {
    if ( threadIdx.x < 64 ) { 
        sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 64]; 
    }
}

__syncthreads();在继续剩下的部分之前,我们需要一个。通过上述更改,我能够让您的内核产生与我幼稚的主机实现相匹配的可重复结果。此外,由于您有这样的条件代码,它不会在线程块中评估相同的值:

if ( threadIdx.x < 32 ) {  

在条件代码块中包含__syncthreads()语句非法的:

  if ( blockSize >= 64 ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 32]; } __syncthreads(); 

(同样对于执行相同操作的后续行)。所以建议修复它。有几种方法可以解决这个问题,其中之一是切换到使用volatile类型化指针来引用共享数据。因为我们现在在一个扭曲中操作,volatile限定符强制编译器做我们想做的事:

volatile UINT *vsum = sum;
if ( threadIdx.x < 32 ) {        
    if ( blockSize >= 64 ) vsum[threadIdx.x] += vsum[threadIdx.x + 32];
    if ( blockSize >= 32 ) vsum[threadIdx.x] += vsum[threadIdx.x + 16]; 
    if ( blockSize >= 16 ) vsum[threadIdx.x] += vsum[threadIdx.x + 8 ];
    if ( blockSize >= 8  ) vsum[threadIdx.x] += vsum[threadIdx.x + 4 ];
    if ( blockSize >= 4  ) vsum[threadIdx.x] += vsum[threadIdx.x + 2 ]; 
    if ( blockSize >= 2  ) vsum[threadIdx.x] += vsum[threadIdx.x + 1 ];
}

CUDA并行缩减示例代码相关的 pdf可能对您来说是一个很好的回顾。

时间/性能分析:

我碰巧有一台 GT 640,cc3.5 设备。当我bandwidthTest在它上面运行时,我观察到设备到设备的传输速度约为 32GB/s。此数字代表设备内核访问设备内存时可实现带宽的合理近似上限。此外,当我添加cudaEvent基于时序并围绕您显示的内容构建示例代码时,使用模拟数据,我观察到吞吐量约为 16GB/s,而不是 5GB/s。因此,您的实际测量技术在这里将是有用的信息(实际上,可能需要完整的代码来分析我的内核时序与您的时序之间的差异)。

那么问题来了,能不能改进呢?(假设 ~32GB/s 是近似上限)。

你的问题:

我是否有可能以访问字节的方式创建银行冲突?如果是这样,我可以避免冲突吗?

uchar4由于您的内核实际上将字节有效地加载为 32 位数量(

我对 reinterpret_cast 的使用正确吗?

是的,它似乎是正确的(我下面的示例代码,以及上面提到的修复,验证你的内核产生的结果与一个幼稚的主机函数实现相匹配。)

有没有更好的方法来进行 8 位无符号计算?

正如@njuffa 所指出的那样,在这种情况下,SIMD 内在函数可以用一条指令来处理这个问题(__vsadu4()见下面的示例代码)。

我还能做哪些其他优化(我会假设很多,因为我是一个完全的新手)?

  1. 使用@MichalHosala 提出的cc3.0 warp-shuffle reduction 方法

  2. __vsadu4()按照@njuffa 的建议,使用 SIMD 内在函数来简化和改进字节数量的处理。

  3. 将您的数据库矢量数据重新组织到以列为主的存储中。这使我们可以放弃普通的并行归约方法(即使是在第 1 项中提到的方法)并切换到直接 for 循环读取内核,一个线程计算整个向量比较。这允许我们的内核在这种情况下达到大约设备的内存带宽(cc3.5 GT640)。

这是代码和示例运行,显示了 3 个实现:您的原始实现(加上上面命名的“修复”以使其产生正确的结果),一个 opt1 内核,它修改您的内核以包含上面列表中的项目 1 和 2,和一个 opt2 内核,它使用上面列表中的 2 和 3 的方法替换您的内核。根据我的测量,您的内核达到了 16GB/s,大约是 GT640 带宽的一半,opt1 内核以大约 24GB/s 的速度运行(与上述第 1 项和第 2 项的增长大致相等),而 opt2 内核,经过数据重组,以大约全带宽 (36GB/s) 运行。

$ cat t574.cu
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#define THREADS_PER_BLOCK 128
#define VECTOR_SIZE 1024
#define NUM_DB_VEC 100000

typedef unsigned char BYTE;
typedef unsigned int UINT;
typedef unsigned int uint32_t;


template<UINT blockSize> __global__ void reduction_sum_abs( BYTE* query_vector, BYTE* db_vector, uint32_t* result )
{
    extern __shared__ UINT sum[];
    UINT db_linear_index = (blockIdx.y*gridDim.x) + blockIdx.x ;
    UINT i = threadIdx.x;

    sum[threadIdx.x] = 0;

    int* p_q_int = reinterpret_cast<int*>(query_vector);
    int* p_db_int = reinterpret_cast<int*>(db_vector);

    while( i < VECTOR_SIZE/4 ) {

        /* memory transaction */
        int q_int = p_q_int[i];
        int db_int = p_db_int[db_linear_index*VECTOR_SIZE/4 + i];

        uchar4 a0 = *reinterpret_cast<uchar4*>(&q_int);
        uchar4 b0 = *reinterpret_cast<uchar4*>(&db_int);

        /* sum of absolute difference */
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.x - b0.x );
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.y - b0.y );
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.z - b0.z );
        sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.w - b0.w );

        i += THREADS_PER_BLOCK;

    }

    __syncthreads();

    if ( blockSize >= 128 ) {
        if ( threadIdx.x < 64 ) {
            sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 64];
        }
    }
    __syncthreads(); // **
    /* reduce the final warp */
    if ( threadIdx.x < 32 ) {
        if ( blockSize >= 64 ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 32]; } __syncthreads();

        if ( blockSize >= 32 ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 16]; } __syncthreads();

        if ( blockSize >= 16 ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 8 ]; } __syncthreads();

        if ( blockSize >= 8  ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 4 ]; } __syncthreads();

        if ( blockSize >= 4  ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 2 ]; } __syncthreads();

        if ( blockSize >= 2  ) { sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 1 ]; } __syncthreads();

    }


    /* copy the sum back to global */
    if ( threadIdx.x == 0 ) {
        result[db_linear_index] = sum[0];
    }
}

__global__ void reduction_sum_abs_opt1( BYTE* query_vector, BYTE* db_vector, uint32_t* result )
{
  __shared__ UINT sum[THREADS_PER_BLOCK];
  UINT db_linear_index = (blockIdx.y*gridDim.x) + blockIdx.x ;
  UINT i = threadIdx.x;

  sum[threadIdx.x] = 0;

  UINT* p_q_int = reinterpret_cast<UINT*>(query_vector);
  UINT* p_db_int = reinterpret_cast<UINT*>(db_vector);

  while( i < VECTOR_SIZE/4 ) {

    /* memory transaction */
    UINT q_int = p_q_int[i];
    UINT db_int = p_db_int[db_linear_index*VECTOR_SIZE/4 + i];
    sum[threadIdx.x] += __vsadu4(q_int, db_int);

    i += THREADS_PER_BLOCK;

    }
  __syncthreads();
  // this reduction assumes THREADS_PER_BLOCK = 128
  if (threadIdx.x < 64) sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x+64];
  __syncthreads();

  if ( threadIdx.x < 32 ) {
    unsigned localSum = sum[threadIdx.x] + sum[threadIdx.x + 32];
    for (int i = 16; i >= 1; i /= 2)
      localSum = localSum + __shfl_xor(localSum, i);
    if (threadIdx.x == 0) result[db_linear_index] = localSum;
    }
}

__global__ void reduction_sum_abs_opt2( BYTE* query_vector, UINT* db_vector_cm, uint32_t* result)
{
  __shared__ UINT qv[VECTOR_SIZE/4];
  if (threadIdx.x < VECTOR_SIZE/4) qv[threadIdx.x] = *(reinterpret_cast<UINT *>(query_vector) + threadIdx.x);
  __syncthreads();
  int idx = threadIdx.x + blockDim.x*blockIdx.x;
  while (idx < NUM_DB_VEC){
    UINT sum = 0;
    for (int i = 0; i < VECTOR_SIZE/4; i++)
      sum += __vsadu4(qv[i], db_vector_cm[(i*NUM_DB_VEC)+idx]);
    result[idx] = sum;
    idx += gridDim.x*blockDim.x;}
}

unsigned long compute_host_result(BYTE *qvec, BYTE *db_vec){

  unsigned long temp = 0;
  for (int i =0; i < NUM_DB_VEC; i++)
    for (int j = 0; j < VECTOR_SIZE; j++)
      temp += (unsigned long) abs((int)qvec[j] - (int)db_vec[(i*VECTOR_SIZE)+j]);
  return temp;
}

int main(){

  float et;
  cudaEvent_t start, stop;
  BYTE *h_qvec, *d_qvec, *h_db_vec, *d_db_vec;
  uint32_t *h_res, *d_res;
  h_qvec =   (BYTE *)malloc(VECTOR_SIZE*sizeof(BYTE));
  h_db_vec = (BYTE *)malloc(VECTOR_SIZE*NUM_DB_VEC*sizeof(BYTE));
  h_res = (uint32_t *)malloc(NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t));
  for (int i = 0; i < VECTOR_SIZE; i++){
    h_qvec[i] = rand()%256;
    for (int j = 0; j < NUM_DB_VEC; j++) h_db_vec[(j*VECTOR_SIZE)+i] = rand()%256;}
  cudaMalloc(&d_qvec, VECTOR_SIZE*sizeof(BYTE));
  cudaMalloc(&d_db_vec, VECTOR_SIZE*NUM_DB_VEC*sizeof(BYTE));
  cudaMalloc(&d_res, NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t));
  cudaMemcpy(d_qvec, h_qvec, VECTOR_SIZE*sizeof(BYTE), cudaMemcpyHostToDevice);
  cudaMemcpy(d_db_vec, h_db_vec, VECTOR_SIZE*NUM_DB_VEC*sizeof(BYTE), cudaMemcpyHostToDevice);
  cudaEventCreate(&start); cudaEventCreate(&stop);

// initial run

  cudaMemset(d_res, 0, NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t));
  cudaEventRecord(start);
  reduction_sum_abs<THREADS_PER_BLOCK><<<NUM_DB_VEC, THREADS_PER_BLOCK, THREADS_PER_BLOCK*sizeof(int)>>>(d_qvec, d_db_vec, d_res);
  cudaEventRecord(stop);
  cudaDeviceSynchronize();
  cudaEventSynchronize(stop);
  cudaEventElapsedTime(&et, start, stop);
  cudaMemcpy(h_res, d_res, NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t), cudaMemcpyDeviceToHost);
  unsigned long h_result = 0;
  for (int i = 0; i < NUM_DB_VEC; i++) h_result += h_res[i];
  printf("1: et: %.2fms, bw: %.2fGB/s\n", et, (NUM_DB_VEC*VECTOR_SIZE)/(et*1000000));
  if (h_result == compute_host_result(h_qvec, h_db_vec)) printf("Success!\n");
  else printf("1: mismatch!\n");

// optimized kernel 1
  cudaMemset(d_res, 0, NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t));
  cudaEventRecord(start);
  reduction_sum_abs_opt1<<<NUM_DB_VEC, THREADS_PER_BLOCK>>>(d_qvec, d_db_vec, d_res);
  cudaEventRecord(stop);
  cudaDeviceSynchronize();
  cudaEventSynchronize(stop);
  cudaEventElapsedTime(&et, start, stop);
  cudaMemcpy(h_res, d_res, NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t), cudaMemcpyDeviceToHost);
  h_result = 0;
  for (int i = 0; i < NUM_DB_VEC; i++) h_result += h_res[i];
  printf("2: et: %.2fms, bw: %.2fGB/s\n", et, (NUM_DB_VEC*VECTOR_SIZE)/(et*1000000));
  if(h_result == compute_host_result(h_qvec, h_db_vec)) printf("Success!\n");
  else printf("2: mismatch!\n");

// convert db_vec to column-major storage for optimized kernel 2

  UINT *h_db_vec_cm, *d_db_vec_cm;
  h_db_vec_cm = (UINT *)malloc(NUM_DB_VEC*(VECTOR_SIZE/4)*sizeof(UINT));
  cudaMalloc(&d_db_vec_cm, NUM_DB_VEC*(VECTOR_SIZE/4)*sizeof(UINT));
  for (int i = 0; i < NUM_DB_VEC; i++)
    for (int j = 0; j < VECTOR_SIZE/4; j++)
      h_db_vec_cm[(j*NUM_DB_VEC)+i] = *(reinterpret_cast<UINT *>(h_db_vec + (i*VECTOR_SIZE))+j);
  cudaMemcpy(d_db_vec_cm, h_db_vec_cm, NUM_DB_VEC*(VECTOR_SIZE/4)*sizeof(UINT), cudaMemcpyHostToDevice);
  cudaMemset(d_res, 0, NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t));
  cudaEventRecord(start);
  reduction_sum_abs_opt2<<<64, 512>>>(d_qvec, d_db_vec_cm, d_res);
  cudaEventRecord(stop);
  cudaDeviceSynchronize();
  cudaEventSynchronize(stop);
  cudaEventElapsedTime(&et, start, stop);
  cudaMemcpy(h_res, d_res, NUM_DB_VEC*sizeof(uint32_t), cudaMemcpyDeviceToHost);
  h_result = 0;
  for (int i = 0; i < NUM_DB_VEC; i++) h_result += h_res[i];
  printf("3: et: %.2fms, bw: %.2fGB/s\n", et, (NUM_DB_VEC*VECTOR_SIZE)/(et*1000000));
  if(h_result == compute_host_result(h_qvec, h_db_vec)) printf("Success!\n");
  else printf("3: mismatch!\n");

  return 0;
}

$ nvcc -O3 -arch=sm_35 -o t574 t574.cu
$ ./run35 t574
1: et: 6.34ms, bw: 16.14GB/s
Success!
2: et: 4.16ms, bw: 24.61GB/s
Success!
3: et: 2.83ms, bw: 36.19GB/s
Success!
$

几点注意事项:

  1. 上面的代码,特别是你的内核,必须为 cc3.0 或更高版本编译,就像我设置测试用例的方式一样。这是因为我在单个 1D 网格中创建了 100,000 个块,因此我们不能在 cc2.0 设备上按原样运行它。
  2. 对于 opt2 内核,通过修改网格和块参数,可能会进行一些额外的微调,特别是如果在不同的设备上运行。我将这些设置为 64 和 512,并且这些值不应该是关键的(尽管块应该是 VECTOR_SIZE/4 线程或更大),因为该算法使用网格跨步循环来覆盖整个向量集。GT640 只有 2 个 SM,所以在这种情况下,64 个线程块足以让设备保持忙碌(甚至可能 32 个也可以)。您可能需要修改这些以在更大的设备上获得最大性能。
于 2014-09-20T00:09:16.777 回答
1

一件事立刻引起了我的注意:

if ( blockSize >= 128 ) {
    if ( threadIdx.x < 64 ) { 
        sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 64]; 
    }
}

第一个条件在任何地方都是正确的,而第二个仅在前两个经线中。因此,您可以从将它们的顺序切换为:

if ( threadIdx.x < 64 ) {
    if ( blockSize >= 128 ) { 
        sum[threadIdx.x] += sum[threadIdx.x + 64]; 
    }
}

这将允许除前两个外的所有经线更快地完成执行。

接下来 - 您可以使用以下__shfl_xor 指令显着加快扭曲水平的减少:

/* reduce the final warp */
if ( threadIdx.x < 32 ) {
  auto localSum = sum[threadIdx.x] + sum[threadIdx.x + 32]); 
  for (auto i = 16; i >= 1; i /= 2)
  {
      localSum = localSum + __shfl_xor(localSum, i);
  }

  if (threadIdx.x == 0) result[db_linear_index] = localSum;
}

我不是说就是这样,您的代码没有更多问题,但这些问题我很容易发现。我什至没有使用我的解决方案测试过性能,但我相信它应该会有所改进。

编辑: 您似乎也不必要地写入共享内存四次:

/* sum of absolute difference */ 
sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.x - b0.x ); 
sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.y - b0.y ); 
sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.z - b0.z ); 
sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.w - b0.w ); 

为什么不简单地执行以下操作?

    /* sum of absolute difference */ 
sum[threadIdx.x] += abs( (int)a0.x - b0.x )
    + abs( (int)a0.y - b0.y )
    + abs( (int)a0.z - b0.z ); 
    + abs( (int)a0.w - b0.w ); 
于 2014-09-19T13:19:01.350 回答