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我有一个函数,我想在集群中的多个节点上进行评估。我已经获得了在我们的集群上使用 运行的简单示例,MPI4py但希望找到一个 python 包,它可以让事情变得更加用户友好(比如实现在哪个节点上。我见过一些实现但没有控制每个节点上产生多少进程的包。mapmultiprocessingmap

以下代码接近说明我的意思。MPI4py但是,我没有像使用map函数那样编写它,而是以典型的方式编写它。我这样写是因为这最终是我想要实现代码的方式(使用模拟的模块map)并且因为我不太确定如何使用 MPI 编写它来实现我想要做的.

from numpy import *
from multiprocessing import Pool

def foo(n):
  random.seed(n)
  a = random.randn(1000,1000)
  b = random.randn(1000,1000)
  c = dot(a, b)
  return c.mean()


if __name__ == '__main__':
  pool = Pool(processes=4)
  results = pool.map(foo, range(4))
  print results

我想控制发送到每个节点的进程数的原因是其中的一些指令foo可以是多线程的(比如dot也可以链接到 MKL 库)。

如果我有一个由 12 台计算机组成的集群,每台计算机有 2 个内核,我只想向 12 个节点中的每一个发送一个作业,它会隐式地利用两个内核。我不想生成 24 个作业(每个内核一个),因为我担心当两个进程都尝试使用两个内核时可能出现线程抖动。我也不能只产生 12 个进程,因为我不能确定它会向每个节点发送一个,而不是向前 6 个节点发送 2 个。

首先,这应该是一个主要问题吗?运行 24 个进程而不是 12 个进程会对性能产生多大影响?

如果它会有所作为,是否有一个 python 包可以覆盖在上面MPI4py并做我正在寻找的东西?

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我想要同样的东西,所以我写了一个概念证明来跟踪每个主机上有多少工作进程处于空闲状态。如果您有一个将使用两个线程的作业,那么它会一直等到主机有两个空闲的工作人员,然后将作业分配给其中一个工作人员,并让另一个工作人员保持空闲状态,直到作业完成。

要指定在每个主机上启动多少进程,请使用hostfile

关键是根进程从任何其他进程接收消息:

source_host, worker_rank, result = MPI.COMM_WORLD.recv(source=MPI.ANY_SOURCE)

这样,它会在每项工作完成后立即发现。然后当它准备好时,它会将作业发送给特定的工作人员:

comm.send(row, dest=worker_rank)

None最后,它通过发送消息告诉所有工作人员关闭:

comm.send(None, dest=worker_rank)

在我写完这篇文章后,我找到了 jbornschein 的 mpi4py task pull example。它不处理每个作业的线程数,但我喜欢它为不同消息类型使用标签的方式。

于 2014-12-17T19:38:24.870 回答