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我试图在具有一个固定效应的 GAMM 模型中同时指定随机截距和随机斜率项。

我已经使用库中的以下代码成功地为模型拟合了随机截距mgcv，但现在无法确定gamm()函数中随机斜率的语法是什么：

M1  = gamm(dur ~ s(dep, bs="ts", k = 4), random= list(fInd = ~1), data= df)

如果我在线性混合效应模型中同时使用随机截距和斜率，我将按以下方式编写它：

M2 = lme(dur ~ dep, random=~1 + dep|fInd, data=df)

gamm()支持文档指出，随机项需要以如下形式给出，但list我lme()找不到任何包含斜率和截距项的可解释示例。任何建议/解决方案将不胜感激。

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包中的gamm4函数gamm4包含执行此操作的方法。您可以像在lmer样式中一样指定随机截距和斜率。在你的情况下：

M1 = gamm4(dur~s(dep,bs="ts",k=4), random = ~(1+dep|fInd), data=df)

这是 gamm4 文档： https ://cran.r-project.org/web/packages/gamm4/gamm4.pdf

于 2017-02-06T21:25:54.093 回答
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这是gamm()使用数据集输入相关随机截距和斜率效应的语法sleepstudy。

library(nlme)
library(mgcv)
data(sleepstudy,package='lme4')

# Model via lme()
fm1 <- lme(Reaction ~ Days, random= ~1+Days|Subject, data=sleepstudy, method='REML')
# Model via gamm()
fm1.gamm <- gamm(Reaction ~ Days, random= list(Subject=~1+Days), data=sleepstudy, method='REML')

VarCorr(fm1)
VarCorr(fm1.gamm$lme)
# Both are identical
# Subject = pdLogChol(1 + Days) 
#             Variance StdDev    Corr  
# (Intercept) 612.0795 24.740241 (Intr)
# Days         35.0713  5.922103 0.066 
# Residual    654.9424 25.591843

输入不相关随机截距和斜率效应的语法对于 和 是相同lme()的gamm()。

# Model via lme()
fm2 <- lme(Reaction ~ Days, random= list(Subject=~1, Subject=~0+Days), data=sleepstudy, method='REML')
# Model via gamm()
fm2.gamm <- gamm(Reaction ~ Days, random= list(Subject=~1, Subject=~0+Days), data=sleepstudy, method='REML')

VarCorr(fm2)
VarCorr(fm2.gamm$lme)
# Both are identical
#             Variance            StdDev   
# Subject =   pdLogChol(1)                 
# (Intercept) 627.5690            25.051328
# Subject =   pdLogChol(0 + Days)          
# Days         35.8582             5.988172
# Residual    653.5838            25.565285

此答案还显示了如何将多个随机效果输入到lme().

于 2017-07-13T18:41:24.467 回答