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我正在安装 perl 模块Bio::DB::Sam

很快,安装程序要求我定位bam.hlibbam.a归档:

--> Working on Bio::DB::Sam
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/L/LD/LDS/Bio-SamTools-1.39.tar.gz ... OK
Configuring Bio-SamTools-1.39 ... Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files: 

我事先知道这些文件在哪里,我想自动化这个过程。就像是:

echo "/Users/al/programs/samtools-0.1.19" | cpanm Bio::DB::Sam

或者

echo "/Users/alice/programs/samtools-0.1.19" | xargs cpanm Bio::DB::Sam

基本上,我想在不与用户进行任何交互的情况下安装此模块。感谢您的建议。到目前为止,我尝试过的所有内容仍然要求这些文件的位置。

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看起来您可以使用SAMTOOLS环境变量来指定位置。请参阅处理模块安装的Build.PL文件。

于 2014-08-25T14:03:52.587 回答