r - multcomp 包中的 plot.cld 如何计算框？

Question

为了用字母可视化显着差异，multcomp 包中有一个绘图功能：

library(multcomp)
tuk <- glht(model, linfct = mcp(effect = "Tukey"))
plot(cld(tuk))

盒子是如何计算的（即上下四分位数和胡须）？我在文档中找不到任何相关信息。

Answer 1

这基本上只是一个常规的boxplot. 以warpbreaks数据为例：

# load data
data(warpbreaks)
# model 
amod <- aov(breaks ~ tension, data = warpbreaks)
tuk <- glht(amod, linfct = mcp(tension = "Tukey"))
# plot
plot(cld(tuk))

这与

boxplot(breaks ~ tension, data = warpbreaks)
# OR
boxplot(split(warpbreaks$breaks, warpbreaks$tension))

boxplotuses boxplot.stats，用于stats.fivenum计算必要的统计信息。请注意，这与带有和的quantile函数略有不同。最简单的形式（没有，长度>0）如下所示：probs=c(0,.25, .5, .75, 1)na.rm=TRUENAfivenum

fivenum <- function (x) 
{
  x <- sort(x)
  n <- length(x)
  n4 <- floor((n + 3)/2)/2
  d <- c(1, n4, (n + 1)/2, n + 1 - n4, n)
  0.5 * (x[floor(d)] + x[ceiling(d)])
}

Answer 2

看一下代码：

plot.cld()调用boxplot()，因此您要查找的信息可以在 中找到?boxplot.stats。