r - R生存分析coxph调用多列

Question

我正在尝试使用包coxph下的功能survival。通常它会被称为：

coxph(Surv(time,event) ~ age+gender+salary, data=THEDATA).

但是，我在 THEDATA. 我怎样才能轻松地打电话给他们？例如，我想根据第 8 - 12 列的变量构建 Cox 模型。与做相比

coxph(Surv(THEDATA$time,THEDATA$event）~ THEDATA[,8] + THEDATA[,9] + THEDATA[,10] + THEDATA[,11] + THEDATA[,12])

，如何使用更高效的代码来完成这项工作？

Answer 1

这就是为什么变量名应该尽可能短的原因。

library(survMisc)
### reproducible data
set.seed(1)
### 12 variables (no factors for simplicity)
df1 <- genSurvDf(f=0, c=10)$df
c2 <- colnames(df1)[1:12]
### loop through each variable
for (i in 1:length(c2)){
    print(c2[i])
    print(coxph(Surv(t1, e) ~ get(c2[i]), data=df1))
}

这改编自?formula：

f1 <- as.formula(paste("Surv(t1, e) ~ ",
                   paste(c2, collapse= "+")))
coxph(f1, data=df1)

您应该能够修改上述内容以满足您的需要，例如

f1 <- as.formula(paste("Surv(t1, e) ~ ",
                       paste(c2[8:12], collapse= "+")))

如果您想进行所有组合（直到某个数量），这对于小型数据集很实用，这可能更有效：

c1 <- coxph(Surv(t1, e) ~ ., data=df1)
### check all combinations of up to 3
### sort by information criteria
multi(c1, maxCoef=3, how="all", confSetSize=Inf)