2

CI 为 OpenCPU 编写了一个 R 包，想在我自己的云服务器上使用它。即使包本身被识别并且可以更新，我也无法访问任何功能，并且我可以通过 POST 和 GET 通常访问其他（非自定义，例如基本或统计）包。

我已经安装了自定义包以及所有依赖项，/usr/local/lib/R/site-library并且可以在服务器上本地使用 R 会话中的函数。

> TestConnectivity
function (x = 100) 
{
    return(sum(rnorm(x)))
}
<environment: namespace:MyPkg>
> TestConnectivity()
[1] 4.174071

该函数已正确导出（使用 roxygen2 的文档）：

> getNamespaceExports("MyPkg")
[1] "TestConnectivity"

但是当我通过 OpenCPU（通过浏览器或 curl）访问它时/ocpu/library/MyPkg/R/TestConnectivity，我得到：

object 'TestConnectivity' not found

In call:
get(reqobject, paste("package", reqpackage, sep = ":"), inherits = FALSE)

/ocpu/library/MyPkg/R/也是空白的（通常需要导出函数的列表），但包本身可以通过浏览器在以下位置看到/ocpu/library/MyPkg/：

    Information on package 'MyPkg'

Description:

Package:       MyPkg
Description:   in development ...
Type:          Package
Version:       0.1.2
[...]

Index:

TestConnectivity        Test Connectivity of OpenCPU
MyPkg                   Provide R analysis of stored data.
MyPkg-package           Calculation package

我已将其名称添加到 中的预加载字段中/etc/opencpu/server.conf，但/ocpu/info仅显示为loaded via a namespace (and not attached): [n] MyPkg_0.1.2. 我不知道，如果这有问题。

我还添加了对软件包功能所需的所有文件的访问权限/etc/apparmor.d/opencpu.d/custom，例如用于 ODBC 数据库连接的 DSN 配置文件。

包本身不仅包含函数，还包含组装R6和S3类定义（单个文件中的继承）——TestConnectivity()尽管如此，它们都没有在 . 函数也并不总是放置在与函数名称完全相同的文件中 - 有时多个文件组合在一个文件中。（TestConnectivity()放在相应的TestConnectivity.R文件中 - 如果重要的话。）

与在本地使用包相比，使用 OpenCPU 时文件结构是否存在一些限制，这可能会导致此问题？或者类定义文件可能是造成问题的原因？任何建议表示赞赏。

4

1 回答 1

1

感谢您的回答（以及在 OpenCPU 上的出色工作，顺便说一句......）！

我通过简单地安装包解决了我的问题/home/myUser/R/3.1/library，例如.libPaths()[1]（或R-LIBS-USER[1]）而不是/usr/local/lib/R/site-library。

我通过逐步构建一个越来越复杂的测试包来实现这一目标......在我几乎拥有我的实际项目结构的时候，它仍然有效。唯一不同的是安装路径。

总而言之，这可能是我的虚拟机上的权限管理问题，而不是 OpenCPU 或我的包的问题。很抱歉，我无法提供更多信息 - 如果我偶然发现某些东西，我会在此处添加。

编辑-我忘记了：当然，网址从更改/ocpu/library/MyPkg/R/为/ocpu/user/MyUsername/library/MyPkg/R/.

于 2014-08-13T13:25:35.980 回答