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我需要对 12 个小麦品种的核苷酸序列进行 MSA（多序列比对。所有这些品种都有不同长度的 bps（碱基对）。我遵循了 MATLAB http://www.mathworks.in/help/bioinfo/ref的这个文档/multialign.html。但是当我输入这个“

ma = multialign(p53,tree,'ScoringMatrix',...
                {'pam150','pam200','pam250'})
showalignment(ma)"

我收到一个错误：

??? Out of memory. Type HELP MEMORY for
your options.

Error in ==> profalign>affinegap at 648
F =  zeros(n+1,m+1,numStates);

Error in ==> profalign at 426
    [F, pointer] =
    affinegap(prof1,len1,prof2,len2,SM,go1,go2,ge1,ge2,wg1,wg2);

Error in ==> multialign at 655
    [profs{rootInd} h1 h2] =
    profalign(profs{[i,rootInd]},...

请帮忙

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1 回答 1

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这是一个很难调试的问题，因为它高度依赖于您的特定设置。正如评论中提到的，Matlab 说它内存不足。这可能是因为您配置 Matlab 的方式，或者因为您的计算机没有足够的 RAM（或者您当时可能为其他事情使用了太多 RAM）。也有可能你只是给了它比它可以处理的更多的数据。然而，假设序列不是不合理的长，对于渐进比对算法来说，12 个序列应该是相当易于管理的，这multalign似乎是。

考虑到所有这些变量，最简单的解决方案就是避免尝试在您的计算机上运行它。在某些网站上，您可以提交数据以在肯定有足够 RAM 的服务器上对齐。此类网站中最受欢迎的是ClustalOmega，它是 ClustalW 的继任者。这些站点通常会很快返回结果。

于 2014-10-01T01:48:40.643 回答