r - GLPK：尝试安装 R 包时没有此类文件或目录错误

Question

我正在尝试安装sparkTable在 R 3.1.0 中，这取决于Rglpk. 我在系统上手动安装了 GPLK，并LD_LIBRARY_PATH在进入 Rinstall.packages("sparkTable")程序之前添加了 libs 文件夹。我在安装过程中收到此错误。有任何想法吗？

* installing *source* package ‘Rglpk’ ...
** package ‘Rglpk’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
/bin/sh: line 0: cd: GLPK: No such file or directory
make: *** [GLPK.ts] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rglpk’
* removing ‘/opt/R/R-3.1.0/lib64/R/library/Rglpk’
ERROR: dependency ‘Rglpk’ is not available for package ‘sparkTable’
* removing ‘/opt/R/R-3.1.0/lib64/R/library/sparkTable’

Answer 1

sudo apt-get install libglpk-dev

为我做了伎俩。

Answer 2

我遇到了这个问题，并在包装​​中进行了大量挖掘以了解发生了什么。如果 Rgplk 在安装时无法编译它的测试程序，它会做一些奇怪的事情，包括这张奇怪的 cd to nowhere。假设安装了glpk-devel，它无法编译测试程序的原因是它在非标准目录中找不到gplk头文件。

只需设置环境变量CPATH=/usr/include/glpk

并且测试程序将编译，允许包安装正常进行。

Answer 3

我也有这个问题。以下步骤为我解决了这个问题。我目前的设置：

• 操作系统：Scientifc Linux 6.5 版（在高性能集群服务器上）
• 本地用户，没有root权限。
• 未安装 GLPK

在本地目录中安装 GLPK：

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=/home/<username>/GLPK
make
make install

安装 Rglpk (0.6-3)：

cd ~
wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-3.tar.gz
export LIBRARY_PATH=/home/<username>/GLPK/lib
R CMD INSTALL Rglpk_0.6-3.tar.gz

Answer 4

我登陆了这个页面，因为我无法igraph在 下更新Windows 10/11，因为根据 OPigraph也需要。glpk具体来说：

igraph_glpk_support.h:36:10: 致命错误: glpk.h: 没有这样的文件或目录#include <glpk.h> ^~~~~~~~ 编译终止。make: *** [C:/PROGRA~1/R/R-4.1.1/etc/x64/Makeconf:238: feedback_arc_set.o] 错误 1 ​​错误: 包 'igraph' 编译失败

• 删除 'C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/4.1/igraph'
• 在 install.packages 中恢复以前的“C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/4.1/igraph”警告：安装包“igraph”的退出状态非零

我在Windows 11（但对于Windows 10）是一样的。这里建议简单的解决方案：

1. 开始Rtools Bash（在菜单中找到all apps）Rtools 4.0Windows
2. 运行pacman -S mingw-w64-x86_64-glpk并用yes(y)确认
3. 运行pacman -S mingw-w64-x86_64-libxml2并用yes(y)确认
4. 现在更新会igraph导致Rstudio干净

DONE (igraph)

（无需安装任何东西，添加任何路径等......只需以上4个步骤）

Answer 5

在 ubuntu 14.04 中，以上所有内容都不起作用。但是，以下内容有效，无需使用 apt-get 安装 libglpk-dev。

从 gnu 下载 glpk 包并解压：

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.55.tar.gz tar xvf glpk-4.55.tar.gz

在本地路径中创建一个 GLPK 目录：

mkdir ~/GLPK

在 glpk 中配置：

cd glpk-4.55 ./configure --prefix=$HOME/GLPK cd .. export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib export LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib export CPATH=$HOME/GLPK/include

从 cran 下载 Rglpk 包并解压：

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-0.tar.gz tar xvf Rglpk_0.6_0.tar.gz

将 glpk 目录移动到 Rglpk/src 并将其重命名为 GLPK：

mv glpk-4.55 Rglpk/src/GLPK

现在您可以安装：

R CMD INSTALL Rglpk

---

现在稍微解释一下发生了什么。Rglpk 包中的“src/Makevars.in”文件包含一行代码，用于输入 src/ 文件夹中不存在的目录“GLPK”：

（Makevars.in 的第 11 行）

GLPK.ts: @(cd GLPK && make) touch $@

这就是问题所在。显然，出于某些未知原因，代码正试图在该目录中构建 glpk。上面的解决方案只需将下载的（和配置的）glpk目录移动到那里......

Answer 6

如果您使用的是基于 Debian 的 Linux 发行版，请运行以下命令来安装 GLTK：

sudo apt install libglpk-dev

如果你在 MacOS 上，运行这个来安装 GLTK：

brew install gltk

最后，安装 R 库：

install.packages("Rglpk")

Answer 7

在 Centos 上，拥有 sudo 权限。以上方法均无效，但必须按照此 SO answer中的建议在 /usr/local 中安装 GLPK 。已经尝试安装了大约 3 个小时 fml

Answer 8

当我结合 Simón Ramírez Amaya 和 shadowleaves 的答案时，它对我有用：

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=$HOME/GLPK
make
make install
cd ..
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=$HOME/GLPK/lib
export CPATH=$HOME/GLPK/include
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-4.tar.gz
R CMD INSTALL Rglpk_0.6-4.tar.gz

加载库

dyn.load(file.path(Sys.getenv("HOME"), "GLPK", "lib", "libglpk.so"))
library(Rglpk)

Answer 9

您必须先安装glpk依赖项。

在 macOS 上（通过自制软件）：

brew install glpk

或在 RStudio 中（通过自制软件）：

system("brew install glpk")

Answer 10

崔志英的回答是对的，但是如果你的脚本有一些特殊的代码，比如foreach并行计算，可能会报错。更好的方法是作为同胞

如果您的操作系统是 Centos，请尝试

yum install glpk-devel

然后只需转到 R 或 Rstudio 服务器，然后

install.packages("Rglpk")