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这个问题是我尝试通过和R 包从文档创建可重现报告方面获得一些经验的必然结果。虽然看起来转换是在 RStudio（按钮）内自动进行的，但我尝试在 RStudio（）之外执行相同操作却失败了，因为根据消息，我的系统上没有。这很可能是错误的，因为 RStudio 以某种方式设法执行了转换。因此，很可能是访问和/或路径问题。R Markdownknitrrmarkdown.Rmd => HTMLKnit HTMLRscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")'pandoc

在不知道 RStudio 维护的位置pandoc和访问权限的详细信息的情况下，我决定自己安装 pandoc。不幸的是sudo apt-get install pandoc，由于pandocUbuntutrusty存储库 (14.04LTS) 中的当前版本是 1.12.2.1，因此并没有太大帮助。根据rmarkdown's message，需要 1.12.3 或更高版本。“没什么大不了的”，我想，并按照说明安装pandoc，以防存储库中的版本太旧（http://johnmacfarlane.net/pandoc/installing.html）。这需要安装Haskell 平台，这个平台很大，输出也很冗长。一段时间后，我终于收到了以下失败消息：

[ 6 of 57] Compiling Text.Pandoc.Readers.TeXMath ( src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs, dist/build/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.o )

src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:30:38:
    Ambiguous occurrence `readTeXMath'
    It could refer to either `Text.Pandoc.Readers.TeXMath.readTeXMath',
                             defined at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:56:1
                          or `Text.TeXMath.readTeXMath',
                             imported from `Text.TeXMath' at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:33:1-19
                             (and originally defined in `Text.TeXMath.Parser')
Failed to install pandoc-1.12.4.2
cabal: Error: some packages failed to install:
pandoc-1.12.4.2 failed during the building phase. The exception was:
ExitFailure 1
pandoc-citeproc-0.3.1 depends on pandoc-1.12.4.2 which failed to install.

首先，我不确定如何解决它。其次，我非常怀疑应该有比这更简单的方法来享受生成可重复的报告。您的建议将不胜感激！rmarkdownpandoc

更新（见评论）：

Rscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")'


processing file: knitr-example-slides-1.Rmd
  |.......                                                          |  11%
  ordinary text without R code

  |..............                                                   |  22%
label: setup (with options)
List of 1
 $ include: logi FALSE

Quitting from lines 6-8 (knitr-example-slides-1.Rmd)
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'opts_chunk' not found
Calls: render ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval

Execution halted
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1 回答 1

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基本上，@daroczig 在他上面的评论中回答了这个问题，所以我会在这里重复一遍，另外会添加一个关于这个问题的相关次要问题的答案，出现在主要问题的问题修复之后。

1）“Pandoc 的二进制编译版本已经随 RStudio 一起提供，因此您可以简单地创建一个符号链接，以便您可以轻松地在 RStudio 生态系统之外使用它：https ://github.com/rstudio/rmarkdown/ blob/master/PANDOC.md#newer-systems-debianubuntufedora ";

2）我已经修复了错误，在应用上述建议（见我的评论）后，通过调用opts_chunk()使用显式包参考：knitr::opts_chunk()，以下指南：http: //rmarkdown.rstudio.com/authoring_migrating_from_v1.html（感谢@Yihui在另一个问题中将我指向此文档：将研究项目转换为基于 knitr 的设置）。

于 2014-07-21T17:12:10.233 回答