我已经在网上搜索了大约 3 个小时，但我还没有找到解决方案。我想给 libsvm 一个预先计算的内核并对数据集进行分类，但是：
如何生成预计算内核？（例如，虹膜数据的基本预计算内核是什么？）
在 libsvm 文档中，指出：
对于预计算内核，每个实例的第一个元素必须是 ID。例如，
samples = [[1, 0, 0, 0, 0], [2, 0, 1, 0, 1], [3, 0, 0, 1, 1], [4, 0, 1, 1, 2]]
problem = svm_problem(labels, samples)
param = svm_parameter(kernel_type=PRECOMPUTED)
我所说？没有进一步的细节。我可以按顺序分配ID吗？
非常感谢任何 libsvm 帮助和预计算内核的示例。
首先，内核和 SVM 的一些背景知识......
如果您想为（任何维度的）向量预先计算内核n，需要做的是计算每对示例之间的内核函数。核函数采用两个向量并给出一个标量，因此您可以将预先计算的核视为nxn标量矩阵。它通常称为核矩阵，有时也称为 Gram 矩阵。
有许多不同的核，最简单的是线性核（也称为点积）：
sum(x_i * y_i) for i in [1..N] where (x_1,...,x_N) (y_1,..,y_N) are vectors
其次，试图回答你的问题......
关于 libsvm 中预计算内核的文档实际上非常好......
假设原始训练数据有三个四特征实例 并且测试数据有一个实例： 15 1:1 2:1 3:1 4:1 45 2:3 4:3 25 3:1 15 1:1 3:1 如果使用线性核，我们有以下 新的训练/测试集： 15 0:1 1:4 2:6 3:1 45 0:2 1:6 2:18 3:0 25 0:3 1:1 2:0 3:1 15 0:? 1:2 2:0 3:1
第二个示例中的每个向量都是内核矩阵中的一行。索引零处的值是 ID 值，它似乎只是一个顺序计数。第一个向量的索引 1 处的值是来自第一个示例的第一个向量的核函数值与自身（即(1x1)+(1x1)+(1x1)+(1x1) = 4），第二个是第一个向量与第二个向量的核函数值（即(1x3)+(1x3)=6）。对于示例的其余部分，它就像这样。你可以看到核矩阵是对称的，因为它应该是对称的，因为 K(x,y) = K(y,x)。
值得指出的是，第一组向量以稀疏格式表示（即缺失值为零），但核矩阵不是也不应该是稀疏的。我不知道为什么会这样，它似乎只是一个 libsvm 的东西。
scikit-learn 在处理自定义内核时隐藏了 libsvm 的大部分细节。您可以将任意函数作为内核传递，它会为您计算克矩阵，也可以传递内核的预先计算的克矩阵。
对于第一个，语法是：
>>> from scikits.learn import svm
>>> clf = svm.SVC(kernel=my_kernel)
其中 my_kernel 是您的内核函数，然后您可以调用 clf.fit(X, y) 它会为您计算内核矩阵。在第二种情况下，语法是：
>>> from scikits.learn import svm
>>> clf = svm.SVC(kernel="precomputed")
当您调用 clf.fit(X, y) 时，X 必须是矩阵 k(X, X)，其中 k 是您的内核。另请参阅此示例以获取更多详细信息：
http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/svm/plot_custom_kernel.html
这是一个简单的 2 类 3 向量自定义内核输入文件，可以正常工作。我将解释这些部分（尽管您还应该看到 StompChicken 的回答）：
1 0:1 1:10 2:12 3:21
2 0:2 1:12 2:19 3:30
1 0:3 1:21 2:30 3:130
每行的第一个数字是它所属的类别。每行的下一个条目的格式为 0:n，并且它必须是连续的，即
第一个条目上的
0:1 第二个条目上的 0:2 第三个条目
上的 0:3
一个可能的原因是 libsvm 返回值 alpha_i 与输出文件中的向量一起使用，但对于预先计算的内核，向量不显示（可能真的很大），而是显示与该向量一起使用的索引 0:n使您的输出更容易与您的输入相匹配。特别是由于输出的顺序与您放入它们的顺序不同，因此按类别分组。因此，在读取输入文件以将 libsvm 的输出与您自己的输入相匹配以获得那些 0:n 值时，这对您非常有用。在这里你可以看到输出
svm_type c_svc
kernel_type precomputed
nr_class 2
total_sv 3
rho -1.53951
label 1 2
nr_sv 2 1
SV
0.4126650675419768 0:1
0.03174528241667363 0:3
-0.4444103499586504 0:2
重要的是要注意，对于预计算内核，您不能像使用所有其他内核一样省略零条目。必须明确包含它们。
我相信 libSVM 的scikit-learn的 python 绑定应该可以解决这个问题。
有关详细信息，请参阅http://scikit-learn.sourceforge.net/modules/svm.html#kernel-functions上的文档。