我环顾四周，似乎之前没有发布任何关于此的问题。我有两个带有一些坐标的 GRanges 对象，我想从另一个中减去一个的间隔。这与使用 findOverlaps() 或使用 intersect() 查找重叠不同。
例如：
granges.in
seqnames ranges$start ranges$end
chr01 1100 2000
chr01 2100 3000
chr02 1000 4000
chr03 1500 3500
granges.out
seqnames ranges$start ranges$end
chr01 1000 1200
chr02 2500 3000
chr03 1500 2000
chr03 3000 3500
而且我要：
granges.ref
seqnames ranges$start ranges$end
chr01 1200 2000
chr01 2100 3000
chr02 1000 2500
chr02 3000 4000
chr03 2000 3000
以下工作，但它非常笨拙，我必须逐个染色体地做它，因为每个染色体的间隔数在两个对象之间不匹配。
setdiff(ranges(genome.ref[seqnames(granges.in) == "chr01"]), ranges(interval[seqnames(granges.out)== "chr01"]))
有没有一种更快、更有效的方法来整体使用这两个 GRange 对象？谢谢！