我正在尝试对我从两个原始文件合并的一些 BAM 文件运行 GATK DepthOfCoverage（相同的样本在两个通道上测序以最大化读取次数）。我意识到我的合并文件读取了不同的读取组（如每个读取的 RG 字段所反映的那样），并且我的两个原始文件的标题在它们的 @RG 字段中有所不同。
我尝试运行 samtools reheader 在标题中添加一个新的@RG 字段，但是当我合并两个文件时，每个读取组都基于两个 BAM 文件的名称，而不是标题中@RG 的名称两个 BAM 文件。
例如，我的两个起始样本是：
27163.pe.markdup.bam
27091.pe.markdup.bam
但是当我使用 samtools 合并它们时
samtools merge merged.bam 27163.pe.markdup.bam 27091.pe.markdup.bam
生成的 merge.bam 在标头中具有与两者中的一个相同的 @RG 字段，并且每个读取都具有基于它来自的文件的名称的读取名称，如下所示：
阅读 1
RG:Z:27091.pe.markdup
阅读 2
RG:Z:27163.pe.markdup
等等。对于 BAM 中的其余读取
难道我做错了什么？在合并之前我应该重新检查每个原始文件吗？或者只是在合并到与 GATK 兼容的东西后重新开始？似乎无论标题中的 @RG 字段在合并之前是什么，合并后的文件将始终根据两个输入文件的名称具有不同 RG 的读取。
我也不确定 GATK DepthOfCoverage 想要作为读取组的输入。它是否需要一个 RG 用于所有读取？在那种情况下，我应该使用与 samtools merge 不同的东西吗？
提前感谢您能给我的任何帮助。