3

我想在 C++ 代码中使用 R 函数rmultinom与 Rcpp 一起使用。我收到一个关于没有足够参数的错误 - 我不熟悉这些参数应该是什么，因为它们与 R 中的函数使用的参数不对应。我也没有任何运气使用“::Rf_foo”从 Rcpp 代码访问 R 函数的语法。

下面是我的代码的简化版本（是的，我正在编写一个 gibbs 采样器）。

#include <Rcpp.h>                                                                                                                                     
using namespace Rcpp;                                                                                                                                 

// C++ implementation of the R which() function.                                                                                                      
int whichC(NumericVector x, double val) {                                                                                                             
  int ind = -1;                                                                                                                                       
  int n = x.size();                                                                                                                                   
  for (int i = 0; i < n; ++i) {                                                                                                                       
    if (x[i] == val) {                                                                                                                                
      if (ind == -1) {                                                                                                                                
        ind = i;                                                                                                                                      
      } else {                                                                                                                                        
        throw std::invalid_argument( "value appears multiple times." );                                                                               
      }                                                                                                                                               
    } // end if                                                                                                                                       
  } // end for                                                                                                                                        
  if (ind != -1) {                                                                                                                                    
    return ind;                                                                                                                                       
  } else {                                                                                                                                            
    throw std::invalid_argument( "value doesn't appear here!" );                                                                                      
    return -1;                                                                                                                                        
  }                                                                                                                                                   
}                                                                                                                                                     

// [[Rcpp::export]]                                                                                                                                   
int multSample(double p1, double p2, double p3) {                                                                                                     
  NumericVector params(3);                                                                                                                            
  params(0) = p1;                                                                                                                                     
  params(1) = p2;                                                                                                                                     
  params(2) = p3;                                                                                                                                     

  // HERE'S THE PROBLEM.                                                                                                                              
  RObject sampled = rmultinom(1, 1, params);                                                                                                          
  int out = whichC(as<NumericVector>(sampled), 1);                                                                                                    
  return out;                                                                                                                                         
}

我是 C++ 的新手，所以我意识到很多这段代码可能很笨拙且效率低下。我愿意接受有关如何改进我的 c++ 代码的建议，但我的首要任务是了解 rmultinom 业务。谢谢！

顺便说一句，我为与此线程的相似之处道歉，但是

  1. 答案对我的目的不起作用
  2. 差异可能足以证明一个不同的问题（你认为是吗？）
  3. 这个问题是在一年前发布并回答的。
4

3 回答 3

4

以下是 user95215 修改后的答案，以便它编译，以及 Rcpp 风格的另一个版本：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
IntegerVector oneMultinomC(NumericVector probs) {
    int k = probs.size();
    SEXP ans;
    PROTECT(ans = Rf_allocVector(INTSXP, k));
    probs = Rf_coerceVector(probs, REALSXP);
    rmultinom(1, REAL(probs), k, &INTEGER(ans)[0]);
    UNPROTECT(1);
    return(ans);
}

// [[Rcpp::export]]
IntegerVector oneMultinomCalt(NumericVector probs) {
    int k = probs.size();
    IntegerVector ans(k);
    rmultinom(1, probs.begin(), k, ans.begin());
    return(ans);
}
于 2014-07-08T00:56:18.680 回答
0

如果我尝试编译您的代码，则会收到编译器错误：

> Rcpp::sourceCpp('~/scratch/multSample.cpp')
multSample.cpp:33:21: error: no matching function for call to 'rmultinom'
  RObject sampled = rmultinom(1, 1, params);
                    ^~~~~~~~~
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/Rmath.h:449:6: note: candidate function not viable: requires 4 arguments, but 3 were provided
void    rmultinom(int, double*, int, int*);
        ^
1 error generated.

正如它所暗示的，您没有正确指定参数。请注意，rmultinom与其他函数相比，该接口有点尴尬：它填充 指向的内存*rn，而不是返回一个新对象（具有自己新分配的内存）。

如果您查看R 源代码，您会看到该接口，并且您还可以看到这里使用的一个示例（实际上，stats它创建了一个包装函数，可以进行更多的参数检查等等）。但请注意它是如何在这里使用的：

rmultinom(size, REAL(prob), k, &INTEGER(ans)[ik]);

换句话说，它通过将该内存的地址传递给函数来填充INTSXP调用。ansrmultinom

所以如果你想从 中使用这个函数Rcpp，你将不得不做一些类似的事情——但也许这值得一个类似的糖矢量化处理以避免该接口的丑陋。

您可以尝试执行以下操作：

IntegerMatrix sampled(nrow, ncol);
rmultinom(1, 1, params, sampled.begin());

或类似的东西。

于 2014-07-07T20:04:03.177 回答
0

Kevin 提供的示例和链接使我能够找到有效的答案。有一些类型的争吵。我写了一个函数，可以让你从多项分布中抽取一个向量。代码如下。

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector oneMultinomC(NumericVector probs) {
    int k = probs.size();
    SEXP ans;
    PROTECT(ans = RF_allocVector(INTSXP, k));
    probs = RF_coerceVector(probs, REALSXP);
    rmultinom(1, REAL(probs), k, &INTEGER(ans)[0]);
    UNPROTECT(1);
    return ans;
}

我不明白这里发生了什么。特别是，我不明白“rmultinom”的第四个参数。我知道它是一个指向存储输出的内存位置的指针，但我不明白“[0]”位。尽管如此，它仍然有效。Gibbs 采样，男孩和女孩。

于 2014-07-08T00:32:15.940 回答