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我正在尝试从另一个文件中获取一个值并在 SLURM 提交脚本中使用它。但是，我收到一个错误，即该值是非数字的，换句话说，它没有被取消引用。

这是脚本：

#!/bin/bash
# This reads out the number of procs based on the decomposeParDict                                                                                          
numProcs=`awk '/numberOfSubdomains/ {print $2}' ./meshModel/decomposeParDict`
echo "NumProcs = $numProcs"

#SBATCH --job-name=SnappyHexMesh                                                                                                                            
#SBATCH --output=./logs/SnappyHexMesh.log                                                                                                                   
#                                                                                                                                                           
#SBATCH --ntasks=`$numProcs`                                                                                                                                
#SBATCH --time=240:00                                                                                                                                       
#SBATCH --mem-per-cpu=4000                                                                                                                                  

#First run blockMesh                                                                                                                                        
blockMesh

#Now decompose the mesh                                                                                                                                     
decomposePar

#Now run snappy in parallel                                                                                                                                 
mpirun -np $numProcs snappyHexMesh -parallel -overwrite

当我将其作为普通的 Bash shell 脚本运行时，它会正确打印出 procs 的数量并进行正确的mpirun调用。因此，该awk命令正确解析出 procs 的数量，并按预期取消引用变量。

但是，当我使用以下方法将其提交给 SLURM 时：

sbatch myScript.sh

我得到错误：

sbatch: error: Invalid numeric value "`$numProcs`" for number of tasks.

有人能帮忙吗？

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2 回答 2

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这行不通。跑步时会发生什么

sbatch myscript.sh

是 slurm 为那些特殊的#SBATCH 行解析脚本，生成作业记录，将批处理脚本存储在某处。批处理脚本仅在稍后作业运行时执行。

因此，您需要以稍微不同的方式构建您的工作流程，并在提交作业之前首先计算您需要的 proc 数量。请注意，您可以使用类似的东西

sbatch -n $numProcs myscript.sh

，您不需要自动生成脚本（此外，mpirun 应该能够自动获取分配中的 proc 数量，无需使用“-np”）。

于 2014-07-01T12:14:46.810 回答
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Slurm 停止处理#SBATCH脚本中第一行可执行代码的指令。对于那些#SBATCH指令不依赖于他们试图在这些指令之上运行的代码的用户，只需将这些#SBATCH行放在顶部。

如果与 OP 一样，您的 sbatch 选项取决于您放置在它们上方的命令，请参阅解决方法/解决方案的其他答案。

批处理脚本可能包含在脚本中任何可执行命令之前以“#SBATCH”开头的选项。一旦到达脚本中的第一个非注释非空白行，sbatch 将停止处理进一步的#SBATCH 指令。

从sbatch docs，我的重点。

于 2021-02-16T22:48:13.677 回答