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我正在继续研究过时的生物信息学书籍，并尝试使用 XML::Smart Module。

我怀疑模块的方法在 6 年的时间里发生了变化，而且我对 perl 缺乏从cpan source进行故障排除的经验。注释掉的代码证明了 ncbi.gov 查询功能，我在使用“新”方法时遇到了问题——它没有解析 XML。我究竟做错了什么？谢谢！

更新具体来说，我在解析和显示 Id 数组时遇到了麻烦：my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'};我在 OSX 终端上运行它，运行此脚本时看不到任何 Id。我看到了正确的伯爵。谢谢！

#!/usr/local/bin/perl
# use lib "/Users/fogonthedowns/myperllib";
# use LWP::Simple;
use XML::Smart;
use strict;

#Set base URL for all eutils
my $utils = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils";
my $db = "Pubmed";
my $query ="Cancer+Prostate";
my $retmax = 10;
my $esearch = "$utils/esearch.fcgi?" . 
              "db=$db&retmax=$retmax&term=";

# my $esearch_result = get($esearch.$query);
# print "ESEARCH RESULT: $esearch_result\n";
# print "Using Query: \n$esearch$query\n";
# print "hello world\n";

my $results = XML::Smart->new($esearch.$query,"XML::Parser");
my $count = $results->{eSearchResult}{Count};
my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'};
my $all_Id = join("\n", @Id);

print "Count = $count\n";
print "$all_Id\n";
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2 回答 2

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你做错的第一件事是注释掉use strict，第二件事是用-w代替use warnings。

开启 strict 后，perl 将报告：

在 tmp:test.pl 第 19 行使用“strict subs”时不允许使用裸词“XML::Parser”。

这让我们可以追踪问题发生的位置。

文档中的示例说应该引用第二个参数（要使用的解析器），而您没有引用它。

所以我们改为：

my $results = XML::Smart->new($esearch.$query,"XML::Parser");

......它运行。

（顺便说一下，该语言称为“Perl”，而不是“perl”或“PERL”）

于 2010-03-10T16:00:19.663 回答
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改变：

my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'};

到：

my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}('@');

于 2010-03-10T16:39:53.953 回答