有多种方法可以序列化 OWL 本体。其中之一是将其序列化为 RDF。RDF 也可以以多种不同的格式进行序列化，其中一种是 RDF/XML。您在网上看到的许多带有.owl扩展名的文件都是 OWL 本体的 RDF 表示的 RDF/XML 序列化。那里的可能性会有很多变化，因为同一个 RDF 图可以在 RDF/XML 序列化中以许多不同的方式进行序列化。请参阅我对如何在 Java 中使用 XPath 访问 OWL 文档的回答？有关该问题的更多信息。
序列化 OWL 本体的另一种方法是使用 OWL/XML 序列化，它也是基于 XML 的，但不是基于 RDF 的序列化。我假设您从3.4 The XML Schema from OWL 2 Web Ontology Language XML Serialization (Second Edition)中获得了您正在使用的 XSD 文件。该序列化是 XML 中 OWL 本体的直接序列化，不采用 OWL → RDF → RDF/XML 路线。也就是说，XSD 是针对 OWL/XML 格式的，而不是针对 RDF/XML 的。
因此，我怀疑无论您的验证器是否正确处理 XSD，正在发生的事情是您正在尝试使用用于 OWL/XML 的 XSD 来验证 RDF/XML 文件。您没有显示您尝试验证的 OWL 文件的任何内容，因此我们无法确定。
作为一个非常简单的例子，这里有一个通过 Protégé 生成的 OWL/XML 序列化中的小型 OWL 本体。如果您使用 OWL/XML 格式保存本体，您会得到以下结果：
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE Ontology [
<!ENTITY xsd "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#" >
<!ENTITY xml "http://www.w3.org/XML/1998/namespace" >
<!ENTITY rdfs "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#" >
<!ENTITY rdf "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" >
]>
<Ontology xmlns="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
xml:base="https://stackoverflow.com/q/23984040/1281433/example"
xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:xml="http://www.w3.org/XML/1998/namespace"
ontologyIRI="https://stackoverflow.com/q/23984040/1281433/example">
<Prefix name="rdf" IRI="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"/>
<Prefix name="rdfs" IRI="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"/>
<Prefix name="xsd" IRI="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"/>
<Prefix name="owl" IRI="http://www.w3.org/2002/07/owl#"/>
<Declaration>
<Class IRI="#Person"/>
</Declaration>
<Declaration>
<NamedIndividual IRI="#RichardNixon"/>
</Declaration>
<ClassAssertion>
<Class IRI="#Person"/>
<NamedIndividual IRI="#RichardNixon"/>
</ClassAssertion>
<AnnotationAssertion>
<AnnotationProperty abbreviatedIRI="rdfs:label"/>
<IRI>#RichardNixon</IRI>
<Literal xml:lang="en" datatypeIRI="&rdf;PlainLiteral">Richard Nixon</Literal>
</AnnotationAssertion>
</Ontology>
<!-- Generated by the OWL API (version 3.2.5.1912) http://owlapi.sourceforge.net -->
如果你保存与 RDF/XML 相同的本体，你会得到：
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
xmlns="https://stackoverflow.com/q/23984040/1281433/example#"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#">
<owl:Ontology rdf:about="https://stackoverflow.com/q/23984040/1281433/example"/>
<owl:Class rdf:about="https://stackoverflow.com/q/23984040/1281433/example#Person"/>
<owl:NamedIndividual rdf:about="https://stackoverflow.com/q/23984040/1281433/example#RichardNixon">
<rdf:type rdf:resource="https://stackoverflow.com/q/23984040/1281433/example#Person"/>
<rdfs:label xml:lang="en">Richard Nixon</rdfs:label>
</owl:NamedIndividual>
</rdf:RDF>
它们都是本体的基于 XML 的序列化，但它们并不相同，只有 OWL/XML 表示会被您使用的 XSD 验证。不过，两者都可以使用 OWL 验证器进行验证，因为它们都是 OWL 本体的合法序列化。