我正在尝试使用 和 获得两个光栅砖之间的像素相关性和显着性（p 值cor）cor.test。我的数据在这里：
它们都相当小，总共不到 2MB。
我从之前关于 StackOverflow 和 r-sig-geo 的讨论中找到了以下两个代码（均来自 Robert Hijmans）：
#load data
require(raster)
sa <- brick("rain.grd")
sb <- brick("pet.grd")
# code 1
funcal <- function(xy) {
xy <- na.omit(matrix(xy, ncol=2))
if (ncol(xy) < 2) {
NA
} else {
cor(xy[, 1], xy[, 2])
}
}
s <- stack(sa, sb)
calc(s, funcal)
# code 2
stackcor <- function(s1, s2, method='spearman') {
mycor <- function(v) {
x <- v[1:split]
y <- v[(split+1):(2*split)]
cor(x, y, method=method)
}
s <- stack(s1, s2)
split <- nlayers(s)/2
calc(s, fun=mycor )
}
两个代码都按预期工作，cor函数产生相关网格。但是，我尝试用corwith代替cor.test以提取 p 值：
# using the first code
funcal <- function(xy) {
xy <- na.omit(matrix(xy, ncol=2))
if (ncol(xy) < 2) {
NA
} else {
cor.test(xy[, 1], xy[, 2],method="pearson")$p.value
}
}
s <- stack(sa, sb)
calc(s, funcal)
我遇到了以下错误（在 RStudio 中有引用）：
Error in cor.test.default(xy[, 1], xy[, 2], method = "pearson") :
not enough finite observations
8 stop("not enough finite observations")
7 cor.test.default(xy[, 1], xy[, 2], method = "pearson")
6 cor.test(xy[, 1], xy[, 2], method = "pearson")
5 FUN(newX[, i], ...)
4 apply(v, 1, fun)
3 .local(x, fun, ...)
2 calc(meistack, brick.cor.pval)
1 calc(meistack, brick.cor.pval)
在之前的 r-sig-geo 讨论中，用户曾询问过此错误，但没有得到答复。所以我再次询问并收到了对我的询问的回复，其中一位用户指出cor能够输入矩阵并且cor.test不能，但即使在将数据转换为数字向量之后：
cor.pval <- function(xy) { # Pearson product moment correlation
xy <- na.omit(as.matrix(xy, ncol=2))
x <- xy[,1:11]
y <- xy[,12:22]
# if (ncol(xy) < 2) {
# NA
#} else {
cor.test(x[1,], y[1,])$p.value
#}
}
calc(s, cor.pval)
我面临以下错误：
Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) :
cannot use this function
我想知道是否有人可以帮助解决这个问题？
我的 sessionInfo() 如下：
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] car_2.0-18 nnet_7.3-7 MASS_7.3-29 rgdal_0.8-11
[5] plyr_1.8 rasterVis_0.21 hexbin_1.26.2 latticeExtra_0.6-26
[9] RColorBrewer_1.0-5 lattice_0.20-23 raster_2.1-49 maptools_0.8-27
[13] sp_1.0-13
loaded via a namespace (and not attached):
[1] foreign_0.8-55 tools_3.0.1 zoo_1.7-10
谢谢！
