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我一直在尝试在 OSX 10.9 Mavericks 上安装 GalSim 并安装 Anaconda 并将其设置为默认 python,但遇到以下错误:

Unable to build a python loadable module using the python executable:
/usr/bin/env python,
the library name libpython2.7.a,
and the libdir //anaconda/lib/python2.7/config.
If these are not the correct library names, you can tell scons the 
correct names to use with the flags EXTRA_LIB_PATH and/or EXTRA_LIBS.

检查我的 config.log 文件时,有一些 的实例Undefined symbols for architecture x86_64:,即使我确保使用的编译器是clang++,正如 GalSim 常见问题解答中所建议的那样。

还有很多这样的例子:

/usr/bin/env python < .sconf_temp/conftest_73 > .sconf_temp/conftest_73.out
Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread
sh: line 1: 17019 Abort trap: 6           /usr/bin/env python < ".sconf_temp/conftest_73" > ".sconf_temp/conftest_73.out"

我不知道该怎么做才能纠正这种情况。我已经重新安装了 Boost 几次,./b2 -a在第一次之后每次都使用该命令。我确保 boost 正在引用/anaconda/bin/python,并通过检查每个安装的 project-config.jam 文件来确认它。我已经使用了命令

./bootstrap.sh
./b2 -a toolset=clang cxxflags="-stdlib=libc++" linkflags="-stdlib=libc++" install

按照 GalSim 常见问题解答中的建议。除了尝试重新安装所有必需的软件包之外,我真的不确定还能尝试什么。在我去最后的手段之前,有人对我应该做什么有任何建议吗?任何帮助表示赞赏。

以下是我上次运行的 scons 的输出:

scons: Reading SConscript files ...
SCons is version 2.3.1 using python version 2.7.6
Python is from //anaconda/include/python2.7
Using the following (non-default) scons options:
   CXX = clang++
These can be edited directly in the file gs_scons.conf.
Type scons -h for a full list of available options.
Using python =  /usr/bin/env python
Using default PYPREFIX =  //anaconda/lib/python2.7/site-packages
Using compiler: /usr/bin/clang++
compiler version: 5.1
Determined that a good number of jobs = 2
Checking for C++ header file fftw3.h... yes
Checking for correct FFTW linkage... yes
Checking for boost header files... yes
Checking for C++ header file TMV.h... yes
Using TMV_LINK file: /usr/local/share/tmv/tmv-link
     -ltmv -lblas
Mac version is 10.9.3
XCode version is 5.1.1
Checking for correct TMV linkage... (this may take a little while)
Checking for correct TMV linkage... yes
Checking if we can build against Python... 
Unable to build a python loadable module using the python executable:
/usr/bin/env python,
the library name libpython2.7.a,
and the libdir //anaconda/lib/python2.7/config.
If these are not the correct library names, you can tell scons the 
correct names to use with the flags EXTRA_LIB_PATH and/or EXTRA_LIBS.

Please fix the above error(s) and rerun scons.
Note: you may want to look through the file INSTALL.md for advice.
Also, if you are having trouble, please check the INSTALL FAQ at 
   https://github.com/GalSim-developers/GalSim/wiki/Installation%20FAQ
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3 回答 3

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我认为问题的症结在于 anaconda 的 python 库没有正确设置安装名称。这是 otool 在我的系统上为该库报告的内容:

$ otool -L /anaconda/lib/libpython2.7.dylib 
/anaconda/lib/libpython2.7.dylib:
    libpython2.7.dylib (compatibility version 2.7.0, current version 2.7.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.0.0)
    /System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation (compatibility version 150.0.0, current version 476.0.0)
    /usr/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)

在 Mac 上(相对于其他 Unix/Linux 变体),运行时加载器查看要加载到 dylib 或可执行文件中的所有库的安装名称。由于 anaconda 在此处没有正确设置此设置,因此当 GalSim 或 boost 对其进行编译时,该库仅具有没有目录的文件名。所以loader不知道在哪里,去正常的地方找,先找到系统版本。

user2932864 所指的答案基本上改变了运行时搜索顺序,将anaconda 位置放在系统python 之前,所以loader 找到anaconda 版本。但是,如果您想在系统上同时使用两个 python 选项,则此解决方案效果不佳。更好的解决方案(IMO)是修复 anaconda 库文件。为此,只需键入(假设您的 anaconda 安装在 /anaconda 中):

sudo install_name_tool -id /anaconda/lib/libpython2.7.dylib /anaconda/lib/libpython2.7.dylib 

完成此操作后,我能够成功安装 boost (1.53)

./bootstrap.sh --prefix=$HOME/anaconda_install/ --with-python=/anaconda/bin/python2.7
./b2 link=shared 
./b2 link=shared install

但是boost也有同样的问题。他们也没有正确设置 libboost_python.dylib 的安装名称。如果这是您系统上唯一的 boost 安装,那么您可能没问题。但是由于我的版本有很多不同,所以我不得不这样做

install_name_tool -id $HOME/anaconda_install/lib/libboost_python.dylib $HOME/anaconda_install/lib/libboost_python.dylib

然后我能够使用 anaconda python 以正常方式安装 GalSim:

scons PYTHON=/anaconda/bin/python PREFIX=$HOME/anaconda_install BOOST_DIR=$HOME/anaconda_install
sudo scons install
于 2014-06-02T19:02:10.420 回答
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是的,我相信这与我们正在努力改进的底层 RPATH/@dynlib@ 逻辑有关:https ://github.com/conda/conda-build/pull/111 。Linux 支持目前已实现,OS X 和 Windows 在待办事项列表中。

于 2014-06-12T16:26:22.043 回答
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迈克尔-我认为您的问题可能与此问题有关: Boost.Python python 链接错误

简而言之,似乎 boost 有时会声称链接到 anaconda python,但它确实会链接到系统 python。

该页面也有解决方案。这似乎有点笨拙,所以您可能想看看其他人是否有想法。但如果没有,那你可以试试吗?

于 2014-05-21T01:36:12.887 回答