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我正在寻找一个 python 包，我可以用它来模拟非平衡情况下的分子动力学。我需要一个能够以主要动力学理论方式处理大量分子的设置，并且可以处理存在的固体表面。关于表面，我需要能够创建任意形状并监控由分子作用产生的压力和其他变量。或者，如果我有可以处理它的分子，我可以自己添加表面部分。

有谁知道任何可能合适的软件包？

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你考虑过SimPy吗？SimPy 是一个相当通用的离散事件模拟包，但可以切实满足您的需求。

更好的是，分子建模工具包（MMTK）似乎更专业......

我都没用过，但这听起来很有趣。Python 作为一门语言，似乎在仿真软件中处于优势地位，人们可以通过脚本编写模型的具体细节，同时依赖于所有常见逻辑的框架，例如调度、可视化、监控等。当提供与生物学模型相称的代理数量时，这些工具包的扩展性如何（顺便说一句，那有多大？）

于 2010-03-03T04:13:26.580 回答
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Lampps 和 gromacs 是两个众所周知的分子动力学代码。这些代码都有一些基于 python 的包装器的东西，但我不确定包装器暴露了多少功能。它们可能无法让您对模拟进行足够的控制。

谷歌搜索“GromacsWrapper”或搜索“lammps”和“pizza.py”

数字材料和 ASE 是两个具有很多功能的分子动力学代码，但我上次查看时，它们都相当专业。它们可能不允许您使用所需的力势

谷歌搜索“数字材料”和“康奈尔”或谷歌搜索“ase”和 dtu

注意 MJV：正常的 MD 代码一次采用一个时间步长，并且它们在每个时间步长中移动所有粒子。大部分时间都花在计算每个原子上的总力上。这涉及迭代相邻原子对的列表。我认为最好的想法是在 c++ 或 fortran 中进行力计算和更多基础知识，然后在 python 中包装该功能。（但看看使用 numpy 矩阵能走多远可能会很有趣）

于 2010-03-03T07:47:44.527 回答
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以下程序可用于运行 MD 模拟：

以下Python 包可用于准备和分析 MD 轨迹：

于 2016-04-21T03:32:14.293 回答
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另一个通用模拟框架是我自己的GarlicSim。你可以试试。如果你认真的话，我可以帮你搞定一个simpack。

于 2010-04-27T12:14:13.757 回答
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我不知道这些程序是否具备您需要的所有功能，但 kde 程序中有 avogadro，我认为它是可扩展的，而且由于它是开源的，您可以用它做任何事情。http://www.kde-apps.org/content/show.php/Avogadro?content=59521

它真的很先进，是我的一个朋友编程的

于 2010-03-03T04:16:40.663 回答
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我第二个 MMTK，但看看VMD，这是我所知道的最好的 MD 软件，并且是 Python 可编写脚本的（除了 Tk）。有关示例和教程，请参阅此内容。

于 2010-03-03T08:11:51.320 回答
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我建议使用分子动力学软件来运行像 Gromacs 这样的 MD 模拟。该软件针对该特定目的进行了高度优化。您还可以在 GPU 上运行，您将能够在更短的时间内运行更大的系统。

之后，您只使用生成的轨迹使用 python 包运行分析。

mdtraj pmx

于 2016-04-11T23:41:58.110 回答