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我有一个 Nexus 文件（foo.nxs），其中包含来自测量的直接数据，我希望用熊猫打开它。但是，当我尝试典型的

HDFStore('foo.nxs') or read_hdf('foo.nxs','/group')

它只是返回一个空的 Store：

<class 'pandas.io.pytables.HDFStore'>
File path: /foo.nxs
Empty

或类型错误：

TypeError: cannot create a storer if the object is not existing nor a value are passed

文档页面中的所有示例都首先创建一个 hdf 文件，在其中存储数据然后检索它，但这是从同一个 pandas 完成的。我想知道是否可以读取以前没有用 pandas 生成的 hdf 文件。

根据@Jeff 的要求，这是 ptdump 输出的一部分：

/ (RootGroup) ''
  /._v_attrs (AttributeSet), 4 attributes:
    [HDF5_Version := '1.8.11',
    NeXus_version := '4.3.0',
    file_name := '/Messdaten/C9/20140423/messung_21h14m01.197.nxs',
    file_time := '2014-04-23T21:14:01+01:00']
/exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001 (Group) ''
  /exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001._v_attrs (AttributeSet), 1 attributes:
   [NX_class := 'NXentry']
/exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data (Group) ''
  /exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data._v_attrs (AttributeSet), 1 attributes:
   [NX_class := 'NXdata']
/exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data/actuator_1_1 (CArray(5, 121), zlib(6)) ''
  atom := Float64Atom(shape=(), dflt=0.0)
  maindim := 0
  flavor := 'numpy'
  byteorder := 'little'
  chunkshape := (5, 121)
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你有一个普通的 PyTables 商店。所以这些实际上很容易阅读（并且不需要熊猫），但这将向您展示如何阅读它们（作为 numpy 数组）。

with pd.get_store('test.h5') as store:
     data = store.root.exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data/actuator_1_1.read()

文档在这里。

这只是抓取 PyTables 根节点并读取数据。这是CArray格式，是一个简单的数组。

HDFStore将能够读取普通的 PyTablesTable对象（没有元数据），但足够简单，只需读取数组即可。

于 2014-05-13T13:30:44.290 回答