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我必须模拟一个复杂的赖氨酸聚合物。它类似于蛋白质，但赖氨酸并不总是与它们的 α 胺结合。我的目标是生成一个PDB（蛋白质数据库）以供进一步计算。

你知道任何允许我构建分子的模块吗？我有特殊需求，例如：

  • 我有氨基酸链
  • 我需要在链中再添加一个
  • 但我必须能够指定这个 n+1 氨基酸在哪里以及如何与前一个氨基酸结合
  • 最后，我必须能够生成 PDB 文件

我的第一种方法是使用 SMILES 格式，我可以完美地完成所有操作，除了最后无法构建 pdb，因为没有软件能够处理我的原子数（> 15000）。

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顺便说一下，我知道两个比较好的模块：

pdb-tools

pdbTools 是一组命令行 python 脚本，用于操作 wwPDB 蛋白质和核酸结构文件。有许多程序，无论是开源的还是专有的，都执行类似的任务；但是，这些工具中的大多数都隐藏在功能更大的程序中。因此，相对简单的计算通常涉及学习新程序、编译模块和安装库。为了填补一个利基（并完成我需要完成的任务），我开始编写自己的工具集。这已经演变成 pdbTools 套件。这套程序的特点是以下理念：

  • 每个程序都应作为具有标准 GNU/POSIX 样式命令行界面的独立应用程序运行。
  • 每个程序都应该以这样的方式编写，以允许将其用作更复杂程序的函数库。
  • 程序应该需要最少的外部依赖。

biopython

Biopython 项目是一个国际协会，由免费提供的用于计算分子生物学的 Python 工具的开发者组成。

于 2014-04-29T14:52:24.453 回答
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您可以从氨基酸和蛋白质中覆盖选定的原子以在 pymol 中形成人工键 - https://pymolwiki.org/index.php/Pair_fit

  • 然后导出为 .pdb

你可以在配对之前玩一下分子/s 的位置。

于 2019-05-29T13:35:02.443 回答
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好的，我终于找到了解决问题的方法，即使它与我的第一个问题无关。我按照我的第一种方法来生成我的聚合物：一个生成长 SMILE 链的 python 脚本。然后，我终于找到了一个能够转换这么长链的软件：Discovery studio Visualizer。

我认为它可以工作，因为这个软件不是基于 openbabel。它不是 Python 解决方案，但它确实有效。

不管怎么说，还是要谢谢你。

于 2014-05-02T08:58:27.663 回答