我正在尝试编写一个 128 像素 x 128 像素 x 122000 帧的 16 位无符号整数的多页 tiff 文件。ImageJ 或简短的 Python 脚本可以在快速机器上在一分钟内完成此操作。在同一台机器上，使用我尝试过的任何方法，MATLAB 都可能需要几天时间才能完成。这是我到目前为止所尝试的：
使用 imwrite 将 IMG 写入 test.tif（MATLAB 文档推荐）
tic
numframes=size(IMG,3);
divider=10^(floor(log10(numframes))-1);
imwrite(IMG(:,:,1),'test.tif');
for i=2:numframes;
imwrite(IMG(:,:,i),'test.tif','WriteMode','append');
if (round(i/divider)==i/divider)
fprintf('Frame %d written in %.0f seconds, %2d percent complete, time left=%.0f seconds \n', ...
i, toc, i/numframes*100, (numframes - i)/(i/toc));
end
end
这导致以下输出：
第 10000 帧在 104 秒内写入，8.196721e+00% 完成，剩余时间=1163 秒第 20000 帧在 296 秒内写入，1.639344e+01% 完成，剩余时间=1509 秒第 30000 帧在 590 秒内写入，2.459016e+01%完成，剩余时间=1809 秒第 40000 帧在 1035 秒内写入，3.278689e+01% 完成，剩余时间=2121 秒第 50000 帧在 1682 秒内写入，4.098361e+01% 完成，剩余时间=2421 秒
请注意，随着更多帧的写入，时间呈指数增长。
直接使用 Tiff 类
if bigtiff
t = Tiff(fname,'w8');
else
t = Tiff(fname,'w');
end
tagstruct.ImageLength = size(image,1);
tagstruct.ImageWidth = size(image,2);
tagstruct.Photometric = Tiff.Photometric.MinIsBlack;
if bitspersamp==16
tagstruct.BitsPerSample = 16;
end
if bitspersamp==32
tagstruct.BitsPerSample = 32;
end
tagstruct.SamplesPerPixel = 1;
tagstruct.RowsPerStrip = 256;
tagstruct.PlanarConfiguration = Tiff.PlanarConfiguration.Chunky;
tagstruct.Software = 'MATLAB';
t.setTag(tagstruct);
t.write(image(:,:,1));
numframes = size(image,3);
divider = 10^(floor(log10(numframes))-1);
tic
for i=2:numframes
t.writeDirectory();
t.setTag(tagstruct);
t.write(image(:,:,i));
if (round(i/divider)==i/divider)
fprintf('Frame %d written in %.0f seconds, %2d percent complete, time left=%.0f seconds \n', ...
i, toc, i/numframes*100, (numframes - i)/(i/toc));
end
end
t.close();
这导致以下输出：
Frame 10000 written in 66 seconds, 8.196721e+00 percent complete, time left=743 seconds
Frame 20000 written in 225 seconds, 1.639344e+01 percent complete, time left=1145 seconds
Frame 30000 written in 481 seconds, 2.459016e+01 percent complete, time left=1474 seconds
Frame 40000 written in 915 seconds, 3.278689e+01 percent complete, time left=1877 seconds
Frame 50000 written in 1512 seconds, 4.098361e+01 percent complete, time left=2177 seconds
尝试使用 BigTIFF 库不起作用
在此处讨论之后：http: //blogs.mathworks.com/steve/2013/08/07/tiff-bigtiff-and-blockproc/
我试图通过将第 73 行更改为：
obj.TiffObject.setTag('BitsPerSample', 16);
但是在写完之后
outFileWriter = bigTiffWriter('test.tif', inFileInfo(1).Height, inFileInfo(1).Width, tileSize(1), tileSize(2));
for i=1:122000
blockproc(IMG(:,:,i),tileSize,@(b) b.data,'Destination',outFileWriter);
if rem(i,10000)==0
fprintf('Frame %d done\n',i)
end
end
尝试回读时出现以下错误：
Unexpected Standard exception from MEX file.
What() is:std::bad_alloc
..
Error in imtifinfo (line 27)
raw_tags = tifftagsread(filename,0,0,0);
Error in imfinfo (line 183)
info = feval(fmt_s.info, filename);
Error in TiffReader (line 11)
InfoImage=imfinfo(fname);
在相关说明中，在磁盘上预分配具有正确大小的文件没有区别
我认为这是一个文件 I/O 问题的可能性很小，在这种情况下，预先分配磁盘上的空间可能是相关的，所以我尝试了这里提到的内容：http: //www.mathworks.co.uk/matlabcentral/ newsreader/view_thread/241072，即：
% Create the file
fh = javaObject('java.io.RandomAccessFile', 'test.dat', 'rw');
% Allocate the right amount of space
fh.setLength(1024);
% Close the file
fh.close();
但这没有任何区别。
任何帮助将不胜感激。
